طبق جنوب السودان المعاملة بالمثل بحق الرعايا السودانيين. وقالت وزارة الداخلية الجنوبية: إن مواطني جمهورية السودان المقيمين في الجنوب يعتبرون أجانب اعتباراً من التاسع من أبريل الجاري. وأكد المفتش العام للشرطة بدولة جنوب السودان؛ أشويل بيتو، تسجيل السودانيين ومنحهم إقامة مؤقته لتوفيق أوضاعهم حسب القوانين التي تحكم وجود الأجانب بدولة الجنوب. وقال بيتو في مؤتمر صحفي بجوبا: "إذا أراد أي مواطن من جمهورية السودان الدخول لدولة جنوب السودان عبر الطرق البرية أو الجوية لن يتأتى له ذلك إلا عبر تأشيرة دخول، و قال وزير الداخلية بدولة جنوب السودان؛ ألسون مناني مقاي: إن أبناء منطقة أبيي في جنوب السودان سيمنحون وثائق دولة الجنوب باعتبار أن أبيي منطقة تتبع للجنوب. إلى ذلك قررت لجنة أمن مقاطعة الرنك بولاية أعالي النيل الجنوبية، منع سفر الجنوبيين إلى السودان، على خلفية انتهاء أجل بقاء الجنوبيين في السودان. وقال محافظ مقاطعة الرنك؛ دينق أكوي كاك، في حديث عبر إذاعة محلية، إن السلطات بولاية النيل الأبيض السودانية منعت مواطني دولة الجنوب من دخول السودان بعد أن سمحت لهم بذلك في وقت سابق. وأرجع أكوي، الذي لوح بالتعامل بالمثل، القرار إلى أنه يأتي حفاظاً على أرواح المواطنين الجنوبيين وممتلكاتهم.