قتل الدكتور محمد صالح إبراهيم فى مزرعته على يد اثنين من حراس المزرعة في حي موسيه بمدينة نيالا بجنوب دارفور وألقت شرطة المباحث بالولاية القبض على الحارسين داخل المزرعة وبحوزتهما دفتر شيكات القتيل بعد أن تمكنت من التوصل إلى أطراف القضية عقب تحرير الجناة شيكات بغرض صرف مبالغ من البنك الذى يتعامل معه القتيل وقال أحد أصدقاء القتيل محمد الحافظ النور إن البنك أبلغه بأن عدداً من الشيكات وردت للبنك بدون توقيع الدكتور محمد صالح كرسي الذى كان وقتها مفقوداً منذ أكثر من أسبوع وعلى الفور قام صديق القتيل بفتح بلاغ لدى الشرطة وذهب إلى المزرعة وعندما سأل الحارسين عن الدكتور أبلغاه بأن هناك سيارة جاءت منتصف الليل وأخذت الدكتور إلى مكان غير معلوم. وفي الأثناء شرعت الشرطة في إجراء تحريات مع الحارسين أقرا خلالها بارتكابهما الجريمة وأنهما قاما بدفن الجثة في المزرعة بعد أن قاما بتقطيعها إلى أجزاء صغيرة لتسهل عملية الدفن فيما هرعت الشرطة إلى مكان الحادث ومعها الجناة وقامت بنبش القبر بالمزرعة فوجدت فيه الجثة وتعرف عليها أقاربه وخف إلى مكان الحادث الدكتور عبد الحميد موسى كاشا والي الولاية وأعضاء حكومته والقيادات العسكرية والشرطية وجمع غفير من المواطنين ومثل الجناة طريقة ارتكابهما الجريمة. وتشير (الأهرام اليوم) إلى أن القتيل كان مديراً لمستشفى نيالا في السبعينيات وتلقى تعليمه في عدد من الجامعات في ألمانيا وعمل بجامعاتها ومتزوج من ألمانية وله بنتان إحداهما بجنوب أفريقيا والثانية بألمانيا تعملان في منظمات الأممالمتحدة.