قالت وكالة انباء اسرائيلية إنه بعد إعلان إسرائيل قيام علاقات دبلوماسية مع دولة جنوب السودان، سارعت الى استغلال هذه العلاقة عبر طلب نائب وزير خارجيتها داني أيالون بأن تدعم جوبا إسرائيل «ضد مسعى الفلسطينيين بالإعلان عن دولة فلسطينية في الأممالمتحدة». ومن التقديمات الإسرائيلية للدولة الجديدة، أشار أيالون الى أن «إسرائيل ستوفد سفيراً غير مقيم إلى العاصمة جوبا». وذكّر وزير الخارجية الإسرائيلي بأن «إسرائيل أيدت الأقلية المسيحية في السودان»،ولفت الى أن «إسرائيل أرسلت خبراء زراعيين وأطباء إلى جنوب السودان، وستواصل دعم هذه الدولة الجديدة»، واصفاً إياها بال«دولة الفقيرة جداً». ويوجد في إسرائيل آلاف المواطنين السودانيين الجنوبيين الذين لجأوا إليها خلال السنوات الأخيرة من خلال عبور الحدود المصرية الإسرائيلية، ما دعا وزير الداخلية الإسرائيلي إلياهو يشاي، إثر استقلال جنوب السودان، إلى الاعلان بأن إسرائيل تعمل على إعادة اللاجئين السودانيين في اسرائيل إلى موطنهم.