أقر السودان بوجود خلافات في وجهات النظر حول قضايا سياسية مع مصر، مؤكداً أن اللقاء المرتقب بين الرئيس السوداني عمر البشير، ونظيره المصري محمد مرسي بالقمة العربية القادمة بالدوحة، من شأنه احتواء هذا الأمر ومعالجته. وطفت على السطح مؤخراً ملامح أزمة بين البلدين بعد إتهام الخرطوم للقاهرة بعدم تنفيذ إتفاق الحريات الأربع وإحتجازها نحو مائة سيارة تخص منقبين عن الذهب دخلوا الحدود المصرية، حيث إعتقلهم الأمن هناك ثم أطلق سراحهم لاحقا دون أن يعيد السيارات. و كما تشكل قضية مثلث حلايب المتنازع عليه بين البلدين بؤرة مستمرة لتعكير العلاقات خاصة بعد إعلان الخرطوم تمسكها بتبعية المنطقة مع تأجيل النقاش حولها بسبب عدم ملائمة أوضاع مصر في الوقت الراهن.