وقع الاتحاد العام لنقابات عمال السودان مع نظيره من دولة جنوب السودان اتفاقية للتعاون المشترك بين البلدين. ووضع الاتحادان برنامج تنفيذي للاتفاقية حيث تضمن البرنامج زيارات بين الاتحادين وإقامة دورة بناء قدرات مشتركة للقيادات النقابية وإقامة دورة بناء مشتركة مع اتحادات أفريقية بالخرطوم وإقامة اتفاقيات توأمة بين الاتحادات الولائية في السودان واتحادات ولايات جنوب السودان. وإقامة توأمة بين النقابات العامة في البلدين وإقامة توأمة وشراكات بين أمانتي المرأة والطفل في الاتحادين وتبادل المعلومات حول المناشط النقابية والأمنية خلال الفترة وإصدار المطبوعات وتبادلها.