أقر رئيس المؤتمر الوطني بولاية الخرطوم د. عبدالرحمن الخضر بوجود اختلافات في وجهات النظر داخل الحزب، وقال إنها خلافات موضوعية وتحسم عادة داخل مؤسسات الحزب المنتخبة، واعتبرها ظاهرة صحية، مشيراً إلى استخدام منهج الشورى لإدارة حوار حول الخلافات التي تحدث، وأكد أن المؤتمرات التنشيطية للمؤتمر الوطني بالمحليات والمؤتمرات القطاعية تهدف للمراجعة والتقييم والاستعداد للمرحلة القادمة، وقال الخضر لدى مخاطبته المؤتمر التنشيطي لمحلية كرري في دورة انعقاده الثانية 2009 2013م ، قال إن المؤتمر الوطني يهدي تجارب المؤتمرات لكل الأحزاب لتحذو حذوه لأن التداول السلمي للسلطة سيتم عبر صناديق الانتخابات.