خلافات كثيرة تدور حول أهمية ما تقوم به مفوضية تخصيص الإيرادات والآثار التي ترتبت في نسبة تحقيق المعالجات التي تساعد في استقرار الأداء الاقتصادي بالولايات. وجه أعضاء مجلس الولايات انتقادات غير مسبوقة للمفوضية تخصيص ومراقبة الإيرادات المالية بسبب تخفيض نسبة الولايات إلى «6%» هذا العام وزيادة وتوزيع إيرادات المركز. وطالب بعض الأعضاء بإلغاء المفوضية واتهامها بأنها لا توزع الإيرادات بالعدالة بين المركز والولايات، ورأوا أنها تظلم بعض الولايات وتنحاز للمركز ما دعا رئيس مفوضية تخصيص ومراقبة الإيرادات المالية أحمد محمد علي حسن أن يكشف عن الإيرادات والموارد القومية النقدية التي بلغ التحصيل الفعلي لها (16,407,587) جنيه للعام الحالي، وبلغت الإيرادات الضريبية (15,530,351) جنيه بنسبة «94%» من جملة الإيرادات الكلية، وأشار أحمد في بيان قدمه بمجلس الولايات أنه تم تحويل (72%) لولاية غرب كردفان لتأسيسها واعتماد (330) مليون جنيه للتعويض الزراعي بالولايات. وقال رئيس المفوضية إن قرار التعويض الزراعي هو قرار جمهوري ومخالف وليس صحيحًا ولكن هناك مبررات للعمل به، وعزا رئيس المفوضية انقاص إيرادات الولايات إلى أزمة البلاد الاقتصادية، وأشار إلى أن الأمر الأساسي الذي تلتزم به المفوضية هو التحويلات الجارية للولايات، وأقر بأنه لم يطبق قانون العام الماضي في توزيع الإيرادات بسبب أن إيرادات البلاد العام الماضي لم تشهد أية زيادة، ووعد بتطبيق قانون المفوضية نسبة لزيادة الإيرادات من «19» مليوناً إلى «23» مليوناً، وأشار رئيس المفوضية إلى أن التحويلات الجارية غير المخصصة للولايات تم تحويلها بنسبة «100%» في الفترة من يناير إلى ديسمبر من العام الحالي، بينما كشف أن إجمالي التحويلات الاتحادية للولايات خلال عام «2013م» تم تنفيذها بنسبة «87,9%». لافتاً إلى أن المفوضية لإنجاز عملها طالبت من الجهات المختصة أن تقوم بزيادة وتطوير الإيرادات الذاتية لها وأن تعمل الولايات بتخفيض المصروفات إضافة إلى أن تقوم الولايات بتقديم ميزانيات مراجعة عن الأداء المالي للأعوام السابقة، والتأكد من استلام مستويات الحكم لأنصبتها وفقاً للنسب المتفق عليها ويتم ذلك عبر الحصول على تقرير الصندوق القومي للإيرادات شهرياً من وزارة المالية وتحليله والمشاركة في اجتماعات اللجنة العليا لقسمة الموارد لمستويات الحكم إضافة إلى ضرورة المتابعة والمراقبة من قبل المفوضية لتوظيف الموارد من خلال متابعة الموارد المختلفة المحولة للولايات من وزارة المالية. وقال عضو مجلس الولايات ممثل البحر الأحمر بروفسيور عوض حاج علي إن هناك أريافاً تفتقد للخدمات والإجلاس وقال يجب أن يكون تعليم الأطفال في الأولوية وانتقد مطالبة المفوضية بأن تقوم الولايات من جمع موارد خاصة بها مشيراً إلى أن كل موارد الولايات تكون مركزية.