تباينت ردود أفعال علماء أزهريين، على فتوى الدكتور يوسف القرضاوي رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، والتي أكد فيها عدم جواز لتصويت على انفصال جنوب السودان، وقال إن أي تحركات في هذا الصدد حرام بشكل قاطع، مؤكدا على أن انفصال جنوب السودان تهديد واضح للأمة الإسلامية والعربية. بداية قال، عبد المعطى بيومي عضو مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر، إن هذا الاستفتاء بالفعل حرام شرعا لأنه يساعد على فصل جزء كبير من داخل دولة إسلامية مما يساعد على تفكيك الوحدة الإسلامية بالسودان وهذا ما تسعي إليه القوي الأجنبية. وأضاف أن الضغوط الأجنبية كثيرة لتدهور أحوال المسلمين والمسيحيين في الدول العربية واختتم كلامه "الحمد لله أعدائنا كتير". أما الشيخ محمود عاشور وكيل الأزهر السابق ، فرفض الكلام عن هذا الشأن بحجة أنه بعيد بعدا تاما عن الدين وهو أمر سياسي في المقام الأول، وأكد أن القرضاوي هو الذي أصدر هذه الفتوى وهو المسئول عنها "واللى عايز يحاسب حد يحاسبه هو". وعبر السفير محمد رفاعة الطهطاوي المتحدث الرسمي بإسم الأزهر الشريف ،عن رأيه الفتوى بأنها مجرد رأى "شخصي للقرضاوي" بالإضافة إلى أنها ليست دقيقة ولابد من التحقيق فيها لمعرفة صحتها ومصداقيتها.. قائلا" إذا قلنا انها غلط هيبقى بنشجع الانفصال ولو قلنا انها صح هنجعل كل امر سياسي به فتوى دينية ".