شنت سلطات الانقلاب الغاشم حملة اعتقالات وبحث عن عمداء كليات عديدة بالجامعة حيث تمكنت ازرع الانقلاب وفي منتصف هذا اليوم الثاني من نوفمبر 2021م من اعتقال عميد كلية التربية الدكتور موسى عبد الرحمن كثاني عميد معتقل بعد أسبوع من اعتقال عميد كلية طب الأسنان الدكتور محمد عايس فيما. وفشلت محاولة اعتقال مدير الجامعة ونائبه وعميد شؤون الطلاب وعميد كلية القانون وعمداء آخرين. وشدد التجمع الديمقراطي لأساتذة الجامعات والمعاهد العليا السودانية _جامعة الجزيرة على ان الاعتقالات والمطاردات لن تثني ثوار الجامعة عن نضالهم المجيد استكمالا للعصيان المدني حتى سقوط الانقلابيين واصطفافا مع شعبنا في المواكب وكل اشكال النضال الهادف لاستعادة مسيرة التحول الديمقراطي بقيادة مدنية. واكد التجمع موقفه الرافض بصرامة لكل قرارات واجراءات البرهان في وبعد الخامس والعشرين من اكتوبر ورفضنا للأساليب القمعية للانقلابيين الرامية للحد من الحراك الشعبي المناهض للانقلاب. وحمل الانقلابيين وأذيالهم من فلول النظام البائد بالجامعة مسؤولية سلامة المعتقلين والمطاردين وطالب السلطات الانقلابية بالافراج الفوري عن جميع ثوار الجامعة والولاية والوطن والكف عن مطاردة معارضي الانقلاب الغاشم.