صنع قرارين لقائد الجيش، بإقالة مديري الجامعات الحكومية، وحل مجالسها غضباً واسعاً في الأواسط الجامعية والمجتمع. وأعلن مجلس عمداء جامعة الخرطوم، يوم الخميس، تقديم جميع الأعضاء استقالات من المناصب الإدارية ما يهدد الجامعة الأكبر والأعرق في السودان بالانهيار والتوقف. وأبان المجلس في بيان إنه عقد اجتماع اليوم الخميس 31 مارس 2022م اجتماعاً طارئاً بقاعة بروفيسور دفع الله الترابي بكلية الهندسة. وأوضح ان الاجتماع ناقش قرار رئيس مجلس السيادة الانقلابي بحل مجالس الجامعات الحكومية، وإعفاء مديري الجامعات ونوابهم، وتعيين آخرين في تعدٍ سافر على مبدأ سيادة حكم القانون، وأحكام الوثيقة الدستورية للفترة الانتقالية التي زعمت السلطة الانقلابية في بيانها الإنقلابي تمسكها بها حاكماً وحكماً لما اسمته بالمتبقي من الفترة الانتقالية. وأعلن مجلس العمداء رفضه القاطع للتدخل في شؤون الجامعات وإدارتها من قبل السلطة الانقلابية. وقرر أعضاء المجلس اتخاذ كافة الخطوات التعصيدية داخلياً وخارجياً لمناهضة القرارات. واعترض أعضاء المجلس على تعيين مدير ونائب مدير لجامعة الخرطوم من السلطة الانقلابية، في خرق واضح للوثيقة الدستورية. واجمع أعضاء المجلس على مناهضة قرارات السلطة الانقلابية قانونياً، وتقديم طعن أمام المحاكم والأجهزة المختصة. وشدد العمداء على تمسكهم باستقلالية الجامعة، كما أكدت عليها كافة الأجهزة المختصة بالجامعة. كما أعلن أعضاء المجلس تقديم استقالاتهم عن مناصبهم الإدارية.