أكدت شركة باجعفر على أنها قامت بتصفية كافة معاملاتها مع مستشفى الخرطوم، وأعلنت خلوها من أي التزامات أو حقوق تجاه المستشفى. وأكد مستند صادر عن مكتب مدير عام مستشفى الخرطوم السابق د. الهادي بخيت على تسوية إيجار المستشفى الجنوبي الخاص، وأشار المستند إلى أن متبقي المستحق من الإيجار حتى 31-7-2011 بلغ 1,120,000 جنيه وأجهزة طبية وأثاثات بلغت قيمتها 285,000 جنيه على أن يدفع من جملة هذا المبلغ 400,000 جنيه بشيك نقداً ويسدد ماتبقى على شيكات باعتبار أن شركة باجعفر أصبحت خالي طرف من أي التزامات تجاه مستشفى الخرطوم، فيما هدد بيان صادر عن شركة باجعفر بتحريك إجراءات قانونية ضد وزارة الصحة ولاية الخرطوم وذلك لاتهام الوزارة للشركة بتجاوزات مالية حسب تقرير لجنة تقصي الحقائق حول استثمارات مستشفى الخرطوم.