أدت بعض الارتباكات بولاية البحيرات حول مواقع التسجيل على الحدود مع ولاية غرب الاستوائية إلى تأخير بدء العملية صباح الإثنين، وألقت السلطات في مقاطعة أمفولو القبض على اثنين من موظفي التسجيل، بحجة أنهما تجاوزا الحدود. وأكد حاكم ولاية البحيرات شول تونق ماياي الحادثة، وشدد على عدم الخوض في نزاعات حول مواقع مراكز التسجيل في حدود الولايات. وأفاد مراسل الشروق في رومبيك، أن اليوم الأول من تسجيل الناخبين للاستفتاء سار بصورة جيدة وسط إقبال كبير من المواطنين الذين تراصوا أمام المراكز. وكان حاكم ولاية البحيرات المهندس شول تونق أعرب عن سعادته ببداية عملية التسجيل التي تشير إلى أن الاستفتاء سيجرى في موعده مطلع العام المقبل. وأكد الحاكم لدى تسجيل اسمه اهتمام حكومته بعملية التسجيل وتأمين انسيابها، مشيراً إلى التفاهم والتنسيق ما بين الحكومة واللجنة العليا للاستفتاء من أجل تسهيل مهام الأخيرة لتضطلع بدورها في إنجاز العملية في سهولة. من ناحيتها، كشفت عضو مفوضية جنوب السودان الناطق الرسمي باسم اللجنة العليا للاستفتاء بولاية البحيرات فكتوريا الوال أرو عن اكتمال الترتيبات المتعلقة بإجراء الاستفتاء كافة من خلال انطلاق عملية التسجيل التي تنتظم 214 مركزاً بولاية البحيرات، ويقوم بالعملية نحو 642 موظفاً. وقالت فكتوريا إن المفوضية وفي إطار سعيها لإجراء الاستفتاء في موعده طرحت شعار نحو استفتاء حر ونزيه.