أظهرت نتائج أول دراسة فنية مصرية لسد الألفية الأثيوبي تهديد الأمن المائي المصري بخسارة تقدر ب15 مليار متر مكعب من المياه بجانب تهديد السد للأراضي السودانية بالغرق في حالة انهياره نتيجة الطبيعة الجيولوجية في أثيوبيا. ووفقاً لصحيفة "الشروق" المصرية فإن خسارة مصر ل 15 مليار متر مكعب من حصتها ستكون في السنة الأولى لتشغيل السد، على أن هذه الكمية ستقل تدريجياً في السنوات التالية حتى ملء بحيرة التخزين التابعة للسد. واستندت الدراسة التي أعدها أستاذ الجيولوجيا بقسم الموارد الطبيعية بمعهد البحوث والدراسات الأفريقية الدكتور عباس الشراقي، على معطيات ونتائج الدراسة الأميركية التي قدمت معلومات وافية عن مواقع السدود المقترحة في أثيوبيا والبالغة 26 موقعاً على حوض النيل الأزرق وروافده، ونتائج صور الأقمار الصناعية والخرائط الجيولوجية والطبوغرافية لطبيعة أثيوبيا. وحسب الدراسة فإن سد الألفية المقترح إقامته على بعد 40 كيلو متراً من الحدود الأثيوبية السودانية أي على نهاية مجرى النيل الأزرق من الجانب الأثيوبي. مضار ومنافع وأفادت نتائج الدراسة المصرية بأن السد سيكون أكثر ضرراً على أثيوبيا وأشد خطراً على السودان، وأكثر نفعاً لمصر. وأوضحت أنه في حالة حدوث أي انهيار في السد ستتدفق كميات هائلة من المياه على الأراضي السودانية وصولاً إلى الخرطوم مباشرة، وقد يصل الضرر إلى السد العالي ولكنه سيكون أقل تأثيراً من السودان، كما أن الأراضي الأثيوبية لن تتعرض لأي خطر لأن السد على حدودها. وأوضحت الدراسة المشاكل الجيولوجية وعلى رأسها الانحدارات الشديدة من مرتفعات تصل إلى 4600 متر فوق سطح البحر إلى منخفضات تقل عن سطح البحر، فضلاً عن عدم ملاءمة نوعية الصخور لإقامة السدود وتحمل المنشآت الخرسانية الضخمة، بسبب التشققات الضخمة في الصخور نتيجة الأخدود الأفريقي الذي يقسم أفريقيا إلى قسمين، واحتمالية حدوث زلازل قوية تهدد المنشآت الخرسانية بالأنهيار. وحذرت الدراسة من كميات الأمطار الهائلة التي تتساقط على أثيوبيا في 3 أشهر فقط من السنة في شكل سيول شديدة قد يتسبب اندفاعها الشديد ووجود الانحدارات الشديدة في تعرض المنشآت المائية لانهيار. وأكدت أن عمر سد الألفية لن يتعدى المائة عام في حالة عدم افتراض حدوث انهيارات صخرية أو زلازل أو سيول قوية.