قبل الاتحاد الأفريقي، الإثنين، جنوب السودان رسمياً الدولة العضو رقم 54 بالاتحاد، وذلك خلال مراسم أقيمت بمقر مفوضية الاتحاد الأفريقي في أديس أبابا بحضور رئيس المفوضية ورئيس دولة جنوب السودان ودبلوماسيين أفارقة. وخلال الاحتفال تم رفع علم جنوب السودان مرفرفاً إلى جانب أعلام الدول الأخرى في مقر رئاسة الاتحاد الأفريقي. وقال رئيس مفوضية الاتحاد الأفريقي، جين بينج، خلال إعلانه انضمام جنوب السودان رسمياً باعتبارها الدولة العضو رقم 54 بالاتحاد الأفريقي: "لقد لاحظنا بشعور من الرضا أن ميلاد الدولة الجديدة جاء نتيجة استفتاء سلمي أسهم في تحقيقه بعناية إثنان من رجال الدولة العظام، سلفاكير، وعمر حسن البشير". وقال الرئيس كير في هذه المناسبة، " فيما يرفرف علمنا عالياً الآن في نيويورك في الأممالمتحدة، يرفرف اليوم في عاصمة الاتحاد الأفريقي". وذكر الاتحاد الأفريقي أن مفوضية الاتحاد تلقت يوم 26 يوليو 2011 تأكيداً من العدد القانوني للدول الأعضاء بالموافقة على انضمام جنوب السودان إلى الاتحاد الأفريقي، ما يتفق مع بنود المادة 29 للقانون التأسيسي المتعلق بعضوية الاتحاد الأفريقي.