عصفت خلافات عنيفة بالمعارضة السودانية بالداخل، إثر قرار تحالف قوى الإجماع الوطني بفصل خمسة من أحزابه بعد تأييدها وعملها مع تحالف "نداء السودان" الذي يضم الحركات المسلحة والمعارضة بالخارج، ورفضت الأخيرة القرار واعتبرته "تفكيكاً مجانياً" للمعارضة. وشمل قرار هيئة قوى الإجماع الوطني، تجميد، عضوية أحزاب" المؤتمر السوداني، البعث السوداني، تجمع الوسط، القومي السوداني، والتحالف الوطني السوداني". ووصف المؤتمر السوداني المعارض في بيان له القرار بأنه "خاطئ إجرائياً" لأن الهيئة العامة التي أصدرته مجرد جسم تنفيذي للتحالف ولا تملك حق إصدار هكذا قرار، فضلاً عن أن القرار لا معنى له، لأن نشاط قوى الإجماع أصلاً مجمّد "بشهادة أطرافه التي تطالب في كل اجتماع بتفعيل النشاط الجماهيري بدون أن تتمكن من ذلك". ورأى أن القرار الذي جاء بمقترح من الحزب الشيوعي ينم عن ارتباك واضح، لأنه جمّد عضوية أحزاب لتأييدها مواقف نداء السودان وانخراطها في العمل المهيكل معه، بينما يشير إلى رغبة قوى الإجماع في التواصل مع "نداء السودان". تضارب الأجندة " المؤتمر السوداني يقول إن الأجندة المتضاربة داخل قوى الإجماع الوطني وقفت حجر عثرة في مسار توحيد المعارضة تحت مظلة النداء "وأكد أن الأجندة المتضاربة داخل قوى الإجماع الوطني وقفت حجر عثرة في مسار توحيد المعارضة تحت مظلة النداء، وظلت لأكثر من عام ونصف العام تضع العراقيل أمام الرغبات الجادة والمشروعات العملية المطروحة لتطوير وتفعيل النداء تنظيمياً وسياسياً وحركياً. وكانت قوى الإجماع الوطني انقسمت حول "نداء السودان"، حيث قبلت الفصائل الخمسة المستهدفة بقرار التجميد بالعمل المهيكل مع "نداء السودان"، واعتمدها اجتماع باريس في أبريل الماضي تحت مسمى "أحزاب نداء السودان بالداخل". وبينما رفض حزب البعث الأصل وقوى أخرى الانضمام ل"نداء السودان"، الذي أيده الحزب الشيوعي وشارك في عدة اجتماعات له عقدت في باريس، ثم عاد وقاطع اللقاءات الأخيرة في أديس أبابا. وتشكل تحالف قوى الإجماع الوطني في السودان في العام 2009 من أحزاب معارضة، على رأسها الحزب الشيوعي وحزب الأمة القومي وحزب المؤتمر الشعبي والحركة الشعبية قبل انفصال دولة جنوب السودان. لكن في الأعوام الثلاثة الأخيرة عصفت الخلافات بين مكونات هذا التحالف الذي يرأسه القيادي فاروق أبوعيسى، وانسحب منه حزب الأمة القومي واختار بعدها مع المؤتمر الشعبي طريق الحوار مع الحكومة.
