إستنكر القس إسيتفانوس وليم راعي الكنيسة اللوثرية السودانية تصريحات وزير الإرشاد والأوقاف الفاتح تاج السر التي قال فيها ان حكومته لن تسمح ببناء كنائس جديدة في البلاد . وقال القس إستيفانوس في تصريح ل (حريات) أمس : ( هل قرأ وزير الأوقاف وحكومته تاريخ السودان ؟ ألم يسمع عن ممالك النوبة المسيحية؟ هل سمع عن هذه الحضارة العريقة أم انه يتجاهلها عمداً ؟ وهل الجنوبيين وحدهم من يدين بالديانة المسيحية في السودان ؟ عندما دخل الإسلام السودان ألم يجد النوبة مسيحيين ؟ ان الذين اعتنقوا الاسلام طوعاً أو إجباراً من المسيحيين هم أحرار لان الديانة المسيحية تؤمن بحرية المعتقد وحرية الأختيار ، والذي يترك الديانة المسيحية لا يجاهد ضده ولا يرجم . بل نترك الحكم لله لان السيد المسيح هو ديان لكل البشر) . وأضاف مخاطباً وزير الأوقاف : (كفاية كذب وضحك على الناس ، أي تراخيص تتحدث عنها ؟ وكانكم تسمحون ببناء الكنائس ليل نهار ! فلتبرز لنا ترخيصا واحداً لبناء كنيسة . ما نريد ان نؤكده هنا ان الإيمان المسيحي سيظل في السودان حتى ولو رفضت الحكومة اعطاء ترخيص لأن الإيمان في القلوب وليس في المباني لو كنتم تعلمون) . وقال القس إستيفانوس : ( أقول لكم أيها النوبة والمسيحيين في سوداننا الحبيب ، قال الرب يسوع المسيح : سيكون لكم ضيق فى العالم لكن ثقوا اني قد غلبت العالم لا تخافوا من الإنسان الذي يقتل الجسد وليس له سلطان على الروح بل خافوا من الذي يقتل الجسد وعنده سلطان على الروح يقدر يلقي في جهنم) ، ويقول المسيح في لوقا : ( وقبل هذا كله يلقون ايديهم عليكم ويطردونكم ، ويسلمونكم الى المجامع والسجون ، وتساقون أمام ملوك وولاة لأجل اسمي .. ضعوا في قلوبكم أن لا تهتموا من قبل لكي تحتجوا ، لأني أعطيكم فماً وحكمة لا يقدر معانديكم أن يقاوموها أو يناقضوها والذي يصبر على المنتهى فهذا يخلص) . وكان وزير الإرشاد والأوقاف الفاتح تاج السر قال في تصريحات صحفية عقب جلسة للمجلس الوطني 16 ابريل ، ( لن نسمح ببناء كنائس جديدة ) . واضاف في تصريحاته (ليس هناك حوجة لكنائس جديدة بعد إنفصال الجنوب) . وتشن الأجهزة الأمنية حملة ضد المسيحيين منذ اواخر العام الماضي بإعتقالهم وإغلاق مراكزهم ودور تعليمهم ، و نهب ممتلكاتهم وترويعهم وإجبارالأجانب منهم على مغادرة البلاد. حيث طرد جهاز الأمن الأب سانتينو مورينو – أمين عام المؤتمر الكاثوليكي السوداني – واثنين اخرين من رجال الدين المسيحى ، بحسب ما أوردت صوت أمريكا 15 ابريل . كما وسبق ونشرت (حريات) تقريراً عن نهب ممتلكات المسيحيين ، والذى شمل ضمن ما شمل ، مصادرة الاجهزة الامنية لمزرعة كمال فهمى حجار أخ الناشطة الحقوقية سلوى فهمى المعتقلة منذ 13 فبراير، ومداهمة مكتب شيخ فتحى وهو رجل اعمال سودانى صاحب محل ملوك للاحذية بشارع المطار وتم تفتيش مكتبه وترويعه ومصادرة بعض ممتلكاته. وأغلق جهاز الأمن عدداً من المدارس والمعاهد ومراكز التدريب ، منها : معهد لايف لتعليم اللغة العربية ، معهد كريدو لتعليم اللغة الإنجليزية ومدرسة (نايل فالي) ومعهد (اصلان) لتعليم اللغة الانجليزية والكمبيوتر ويتبعان للكنيسة الخمسينية بالخرطوم. وإستهدف جهاز الأمن (قافلة الشباب المسيحي للمعايدة) المتجهة من الخرطوم إلى الابيض وام روابة لمعايدة الكنائس هناك 22 ديسمبر 2012 . وهي معايدة درج الشباب المسيحي بكل طوائفه على تنظيمها منذ عشرات السنين لتهنئة اخوتهم المسيحيين من سكان الاقاليم والولايات بعيد الميلاد المجيد . وتم إحتجاز العربة (الدفار) التي تقل القافلة وصودرت نسخ من الكتاب المقدس (الانجيل) وهدايا أعياد الكريسماس المعتادة. ومنعت الأجهزة الأمنية في العاصمة والولايات المسيرات الاحتفالية التي يقوم بها المسيحيون في الشوارع كل عام ابتهاجا بقدوم عيد الكريسماس . واعتقل جهاز الأمن نيافة الأنبا إيليا أسقف كنيسة الخرطوم 7 يناير قبيل ساعات من إحتفال الأقباط بأكبر أعيادهم – عيد الميلاد . وسبق و أغلق جهاز الأمن المركز الثقافي الانجيلي بالخرطوم 18 فبراير 2013 وصادر الكتب والوثائق والأدوات الإعلامية . وهاجم الأمن كلية جيدون لعلوم اللاهوت بأم درمان 24 فبراير ، وإعتقل ثلاثة من القساوسة وأطلق سراحهم بشرط التبليغ اليومي لجهاز الأمن . وهاجم مكاتب الجامعة المسيحية (FCUS) 24 فبراير وإعتقل اثنين من التنفيذيين ، وأطلق سراح أحدهما بشرط التبليغ اليومي ، فيما لا يزال الآخر معتقلاً . كما هاجم الأمن داخلية الجامعة وصادر عربة تابعة لها . وأغلق جهاز الأمن مركز نينو (Ninu) للغات وعلوم الكمبيوتر 16 يناير . وأغلق معهد كوكو (Kuku) بأم درمان في نفس اليوم . وأحرق غوغاء بناء على فتوى من السلفي الحربي محمد عبد الكريم كنيسة الجريف غرب يوم 21 ابريل 2012 بينما كانت الاجهزة الامنية تتفرج فى لامبالاة . وهاجمت مجموعة من الاسلاميين المتطرفين 18 يوليو 2011 منزل اسقف الكنيسة الانغليكانية النيل ادم اندودو في محاولة لقتله هو واثنين من القساوسة هما : توماس لوكا وبولس يوحنا , اللذين كانا خارج المنزل لحظة الهجوم بحسب المصادر التى اوضحت انه لم يصب احد بأذى . وترك المهاجمون رسالة تهديد تحذرهم من هجمات مماثلة . وفي يوم 28 يونيو 2011، أحرق اسلاميون متطرفون مبنى كنيسة تابعة للكنيسة الانجيلية اللوثرية بالسودان بأم درمان . وبحسب مصادر مسيحية في الخرطوم فان ما لايقل عن (10) من زعماء الكنيسة تلقوا رسائل تهديد نصية من اسلاميين متطرفين ابلغوهم فيها انهم و مباني و مؤسسات الكنيسة اصبحوا هدفا مشروعا لهم. وبعث وكيل وزارة الأوقاف حامد يوسف آدم، برسالة تحذيرية للكنيسة الانجيلية المشيخية بالسودان في يوم 3 يناير2012. وهددت وزارة الإرشاد والأوقاف باعتقال زعماء الكنيسة إذا قاموا بنشاط تبشيري. واختطفت مليشيا القسيسين الأب جوزيف ماكوي والأب سلفستر موقا من مجمعهما الكنسي في مدينة ربك بولاية النيل الأبيض الأحد 15 يناير 2012. ونهبت المليشيا المجمع وسرقت المعدات الثمينة وأجهزة الكمبيوتر. وقال القس مارك أكيك نائب الأمين العام لمجلس الكنائس السوداني في اتصال هاتفي معه 20 يناير 2012 ل (إي إن آي نيوز): (القيود المفروضة علينا في السودان ليست جديدة ، ولكننا قلقون من أن الأمور تزداد صعوبة منذ انفصال الجنوب. ومع (الشريعة) نتوقع الوصول إلى حال أكثر صعوبة). وترافقت الإعتداءات على المسيحيين مع إعتداءات شبيهة على ضرائح أولياء المتصوفة . وحسب تقرير منظمة (Open Doors) – الأبواب المفتوحة – الثلاثاء 8 يناير2013 جاءت حكومة المؤتمر الوطني في المركز ال (12) عالمياً فى قائمة أكثر الحكومات التى تمارس التمييز والإضطهاد الديني ضد المسيحيين .