كشف معهد ماساتشوستش للتكنولجيا بالولايات المتحدةالأمريكية، أن السودان سيتأثر من سد النهضة من خلال وقف بعض الزراعات بسبب تغير التربة وقلة الطمي على المدى البعيد. وأضاف المعهد الأمريكي في توصياته التي وضعها خبراء مياه أن الطريقة التي سيتم بها تشغيل سد النهضة ستتوقف على خصائص مراكز الأحمال الإقليمية التي ستنتقل إليها الطاقة الكهرومائية، مشيرًا إلى أن على مصر والسودان أن تولى اهتماما خاصا لفترة أثناء الملء وفترات الجفاف لأنها ستكون أوقات اختلاف بين دولة المنبع "إثيوبيا" ودولتي المصب" مصر والسودان" . وأعلن المعهد أن السودان يمتلك الحد الأدنى من احتياجاته المائية حتى في ظل بناء سد النهضة، لكنه يفتقر فقط إلى طرق التخزين طوال العام. وأضاف أن مشكلة السودان هي قدرته المحدودة على سحب المياه وتخزينها أثناء ملء خزان سد النهضة. وتابع أن تلك القدرة المحدودة هي ما تستلزم منشآت صناعية لتخزين المياه.
