جاء في تقييم للامم المتحدة ان مئات الالاف من السودانيين قد يفرون الى دول الجوار اذا اندلع قتال بعد الاستفتاء . ووضع مكتب مفوض الاممالمتحدة السامي لشؤون اللاجئين خططا طارئة تشير الى امكانية لجوء 100 الف من جنوب السودان الى أوغندا و100 ألف اخرين الى كينيا و80 ألفا الى إثيوبيا و50 ألفا الى مصر عام 2011 اذا نشبت حرب بعد استقلال الجنوب. وقال محمد ديري الممثل الاقليمي لمفوضية الاممالمتحدة لشؤون اللاجئين في مقابلة «نأمل الا يحدث شيء، لكن بالقطع هناك شعور بأن شكلا من أشكال التشريد قد يحدث من جنوب السودان الى الدول المجاورة طلبا للجوء.»،ورأى أن مشاكل أمنية بعد الاستفتاء قد تدفع البعض من بين نحو 1.5 مليون سوداني جنوبي يعيشون في العاصمة الخرطوم وحولها الى الفرار شمالا الى مصر. ولمح مسؤولون مصريون الى ان نزوحا كبيرا من جانب اللاجئين لن يكون مرحبا به في دولة تستضيف بالفعل عشرات الالاف من اللاجئين في الوقت الذي يشكل فيه تزايد أعداد سكانها عبئا على البنية التحتية والخدمات الاجتماعية. واوضح ديري أن المفوضية العليا لشؤون اللاجئين تعد لتوجيه مناشدة الشهر المقبل لجمع الاموال للتعامل مع تكلفة عمليات تشريد محتملة بعد الاستفتاء،وقال «نأمل الا تحدث في السودان حرب شاملة لان هذا أسوأ سيناريو يمكن ان نفكر فيه.» وأضاف «لكن على الارجح قد تحدث اشكال من التشريد داخل جنوب السودان ذاته ومن جنوب السودان الى دول الجوار طلبا للجوء وربما من الخرطوم الى جنوب السودان ودول مجاورة مثل اريتريا ومصر.