حذرت الجبهة الثورية من مغبة انهيار اتفاق جوبا ونسف مفاوضات السلام حال أصرت قوى الحرية والتغيير على تجاوزها في تشكيل المجلس التشريعي وتعيين ولاة ولايات، وقال رئيس المجلس التشريعي للجبهة الثورية التوم هجو إن هنالك ولايات لا يمكن حكمها بواسطة ولاة من الحرية والتغيير مثل دارفور والشرق الملتهب. وحذر من لحظة نندم فيها على عدم الإبقاء على العسكر حاكمين في الولايات التي بالإمكان أن تنفجر بغياب الرؤية المتأنية في التعيين.
من جانبه أكد رئيس الحزب الوحدوي الناصري عضو المجلس المركزي لقوى الحرية والتغيير د. جمال إدريس وفقاً لآخر لحظة، أنه لم يتم التشاور مع الحرية والتغيير قبل التوقيع، لافتاً إلى أن الجهات التي مهرت الاتفاق غير مفوضة.