قررت الحكومة سحب الجنسية عن أكثر من ثلاث آلاف من الحاصلين عليها بالتجنس إبان حكم الرئيس المعزول عمر البشير، وتعمل لجنة فنية، تابعة لوزارة الداخلية، منذ عدة أشهر في مراجعة الهوية السودانية خلال الفترة 1989 – 2019، ومراجعة ملفات الجنسية التي منحت لأجانب من أصول غير سودانية. وكشفت وزارة الداخلية عن قرار أصدره رئيس مجلس السيادة عبد الفتاح البرهان قضى "بسحب الجنسية بالتجنس عن 3.546 شخص وردت أسماؤهم في قرارات جمهورية بمنحهم الجنسية السودانية بالتجنس ولم يستوفوا الشروط ولم يكملوا البيانات". ويعد قرار منح وسحب الجنسية من المسائل السيادية التي لا تصدر إلا بقرار مباشر من رئاسة الجمهورية، وأشارت وزارة الداخلية إلى أن القرار اشتمل على سحب الجنسية عن 112 شخصاً وعن جميع الأشخاص الذين حصلوا على الجواز السوداني عن طريقهم، دون أن تُحدد هويتهم. وقال البيان بحسب صحيفة الجريدة، إن سحب الجنسية استند على تقارير طبية وأمنية وسالبة، إضافة إلى انها "منحت لهم بما يخالف شروط منح الجنسية السودانية بالتجنس". وأعلنت وزارة الداخلية عزمها مخاطبة الشرطة الجنائية الدولية (الإنتربول) والبعثات بالخارج بتفاصيل أسماء الذين سُحبت منهم الجنسية "لاتخاذ ما يلزم من إجراءات".