وقعت وزارتا التعليم العالي والبحث العلمي، والتعليم العالي والعلوم والتكنلوجيا بحكومة الجنوب إتفاقية تعاون لمدة ثلاثة أعوام على أن تجدد تلقائياً مالم يبد أحد الطرفين رغبة في تعديلها أو إلغائها قبل ستة أشهر من نهاية مدة سريانها. وتنص المادة الأولى على إقامة وتوطيد علاقات ثنائية في مجال التعليم العالي والبحث العلمي في كلا البلدين من حيث تبادل الخبرات والتجارب في مجال النظم الإدارية في التعليم العالي والبحث العلمي، ويشجع الجانبان تبادل الأساتذة والزيارات والإجازات العلمية والممتحنين الخارجين، على أن تخصص حكومة السودان (100) منحة دراسية لمستوى البكالريوس الجامعي للطلاب الجنوبيين وتحدد وزارة التعليم العالي السودانية مجالاتها، وتم الاتفاق على منح الطلاب الشماليين في المراحل الدراسية المتقدمة بالجامعات الجنوبية الأربع (جوبا ، أعالي النيل، رمبيك، بحر الغزال) والذين يدرسون الآن بجامعة بحري شهادات التخرج -البكالريوس والدبلوم- صادرة من جامعاتهم الأم ويسمح للطلاب الجنوبيين بإكمال دراستهم بالجامعات الشمالية الحكومية وفي حال الانتقال النهائي إلى دولة جنوب السودان تسلم نسخة معتمدة من سجلاتهم الأكاديمية لوزارة التعليم العالي والتكنلوجيا بجنوب السودان على أن تسلم نسخة معتمدة من السجلات الأكاديمية للطلاب الخريجين بالجامعات الشمالية الحكومية ما عدا الجامعات الأربع سالفة الذكر لوزارة التعليم العالي والعلوم والتكنولوجيا بجنوب السودان، كما نصت على أن الطلاب الجنوبيين الذين يدرسون بجامعات ومعاهد التعليم العليا المختلفة بجمهورية السودان الراغبين في الإستمرار في الدراسة بالسودان بعد التاسع من أبريل 2012م يعاملون معاملة الطلاب السودانيين من حيث الرسوم الدراسية وحسب شروط قبول التعليم الوافدين بحكومة السودان، وتم الاتفاق على أن تسلم ملفات الأساتذة والعاملين الشماليين في الجامعات الجنوبية الأربع والتي تم نقلها الى جنوب السودان لوزارة التعليم العالي بحكومة الجنوب، وأن تشكل لجنة فنية مشتركة من المسئولين بالدولتين تجتمع في جوبا والخرطوم بالتناوب مرة واحدة كل عام على الأقل لمتابعة تنفيذ الاتفاقية ورفع توصياتها لمعالجة أوجه القصور.