يعتبر النقل النهري في السودان من وسائل المواصلات التي تربط بين الشمال والجنوب، كما تربط بين السودان ومصر، وقد واجه النقل النهرى إهمالا بسبب الحرب الأهلية لأكثر من (22) عاما، والتى انتهت باتفاقية السلام الشامل عام 2005م، وبدأ يستعيد عافيته رويدا رويدا، ولكن ذلك لم يدم طويلا بسبب الانفصال . وقد تتأثر هذه الوسيلة وتوقفت مرة اخرى منذ الخامس عشر من مارس 2009م، قبل اعلان انفصال الجنوب عن الشمال بسبب الخلافات الدائرة بين الجنوبيين انفسهم ولسوء الاحوال الامنية، واستمر الحال الا أن توترت العلاقات بصورة اسوأ ووقعت القطيعة الاقتصادية والسياسية بين الدولتين، الى ان تمت اتفاقية التعاون المشترك الاخيرة بأديس أبابا، وبين تلك الفترات جرت مياه من تحت الجسر، واصاب النقل النهري ما اصابه، ومصالح الشعبين في الشمال والجنوب تستوجب أن يتواصلا عبر النقل النهري. وكانت هناك حاجة كبيرة للنقل للنهرى في الآونة الأخيرة. وفى ذلك اكد هاشم العوض مدير ادارة النقل النهري بوزارة النقل والطرق والجسور ان المواعين المملوكة لدولة السودان تغطى تماما حاجة التبادل التجاري بين السودان ودولة جنوب السودان، واوضح العوض فى حديثه ل(الرأي العام): ان المواعين التابعة للسودان تبلغ (264) ماعونا، تتراوح حمولة الواحد منها بين (600 -650) طنا، واشار الى تحسبهم لاستئناف عمليات النقل النهرى بين السودان والجنوب من قبل توقيع اتفاقية التعاون المشترك، وقال: كجهة سيادية مسؤولة عن النقل النهرى سلمنا دولة جنوب السودان بحضور مندوب الاممالمتحدة مسودة الاجراءات القانونية الموضوعة بين الدولتين، وترجمناها لهم باللغة الانجليزية، ولم نتلق منهم ردا حتى الآن، او اشارة بالتعديل بالحذف او الاضافة لما قدمناه من مقترحات تحمل لوائح قانونية برتوكولات من المفترض ان توقع بين الدولتين اسوة بما تم مع دولة مصر، حتى يضمن قطاع النقل النهري حقوقه ونطمئن على وضعه، من النواحي الامنية وغيرها حتى لا يتعرض لمشاكل فى الطريق خاصة وان هنالك مواعين غير مطابقة للمواصفات . وقال العوض : هنالك (10) ملايين طن من الشمال تحتاج الى ترحيل الى الجنوب وبعضها بين مدن السودان الداخلية، واضاف: فى سبيل ذلك قدمنا دراسة عرضناها للتمويل عبر (البوت) الخط النهرى من بربر الى جوبا عبر الخرطوم وكوستى بهدف تنشيط التجارة بين الشمال والجنوب، وبين ولايات السودان لترحيل الاسمنت والسكر وغيرهما من المنتجات.