الرأي العام كما الأحزاب السياسية طال داء الانشطار الكنيسة الأسقفية التي يُقال إنها انشقت الى ثماني طوائف وكانت حكايات الانقسام وأسبابها ستمضي مع الأيام لا تؤثر إلا على أتباعها إلا في الإطار الضيق الذي يمثله تغيير فيه مكان الصلاة. إلا أن بياناً صدر من الكنيسة الأسقفية السودانية وأبرشية كارم وجه اتهاماً صريحاً لقادة الحركة الشعبية بجبال النوبة بمنطقة «المورو» بقتل المطران استيفن الغول توتو. وحسب البيان ان المنطقة تقطنها عشيرة واحدة «لتوكفلا» وتنتمي جميعها لطائفة الكنيسة الأسقفية، فما كان يجدر أن ينتهي الخلاف بينهما بسفك الدماء، وقبل حادث مقتل الغول وفي تلك الجهات «جبال النوبة» ثم قتل أتباع للكنيسة الإنجيلية وما زال القاتل مجهولاً. والمطران القتيل الغول كان يرتب نفسه لإكمال مراسم تتويجه مطراناً في تلك النواحي يخدم تحت إمرة الأسقف بيتر البرش في أسقفية شمال السودان، ورغم ان الكنيسة ظلت طوال فترة عملها الكنسي تنشط في المناطق التي تسيطر عليها الحركة تم اتهام المطران والأسقف من قِبل زملائهم في الكنيسة بممالاة المؤتمر الوطني مع ان الدستور الكنسي يمنع منعاً باتاً الجمع بين الخدمة في الكنيسة والنشاط السياسي للآباء والقساوسة وكل من يخالف ذلك يُنذر ويتم رفته من سلك الرهبنة. وعلى عكس ما جاء في البيان وجه كبير أساقفة الكنيسة الاسقفية الإصلاحية السودانية قبريال روريج الاتهام بالقتل للكنيسة الأسقفية الأم وربط ذلك بأن المطران القتيل ذهب معه أتباع كثر من الكنيسة وله مكانة وشعبية في تلك الجهات وأجمع روريج والأسقف بيتر البرش أسقف الكنيسة الأسقفية لشمال السودان الذي يتبع له المطران. في حديث ل «الرأي العام» ان الحركة الشعبية ليست مسؤولة مسؤولية مباشرة عن المضايقات التي تعاني منها الطوائف في تلك الجهات ووجها تهماً لزملائهم قادة بعض الطوائف باستغلال نفوذ أقاربهم المنتمين للحركة الشعبية في المنطقة بتصفية مخالفيهم من الطوائف الأخرى ويقومون أيضاً بتحريض وتأليب الأهالي عليهم بحجة أن هؤلاء اتباع للمؤتمر الوطني لمجرد وجودهم في الخرطوم. اتيم قرنق القيادي البارز بالحركة الشعبية نفى ل «الرأي العام» توجه الحركة للتضييق على العمل الكنسي والتدخل في شؤون الكنائس وقال ربما بعض منتسبي الحركة متورطون في هكذا جرائم بصورة شخصية وهؤلاء سيردعهم القانون الجنائى إذا وجدوا مذنبين، وأعاب أتيم على البيان توجيه الاتهام للحركة التي ليس من أهدافها قتل الناس وعلق أيضاً على أن بعضاً من منتسبي الأحزاب السياسية قد يرتكبون مخالفات مشابهة ولا يعني أن ذلك يمثل خطاً للحزب. د. الطيب زين العابدين الناشط في حوار الأديان والتعايش السلمي نفى أن ترتد الحركة الشعبية لصراعات أو صغائر مثل هذه، وقال ل «الرأي العام» إن توجه الحركة منذ ان تخلت عن الشيوعية بمغادرتها لمدينة أديس أبابا جاء نظامها الجديد منذ العام 2991م، بابتعادها عن ايديولوجيتها القديمة وبحثت عن علاقات جديدة مع دول جديدة حتى تضمن الاستمرارية ووجدت مأوى في يوغندا وكينيا وعرف عن الأخيرة ان نيروبي اكبر تجمع للنشاط الكنسي في افريقيا فبدأت الحركة علاقات جيدة مع امريكا ووجدت تأييداً هناك من الكنائس خاصة الانجيليين الجدد ووجدت دعماً من جمعيات حقوق الإنسان وتأييداً من أعضاء الكونغرس «جمهوريين وديمقراطيين» ومن هنا أولت الحركة اهتماماً برجال الدين «مسيحيين ومسلمين» واهتمت بموضوع المؤسسات الدينية. ورجال الدين «المسيحي والاسلامي» بل أنشأت ما يُسمى بمجلس كنائس السودان الجديد ومجلس علماء السودان الجديد «خاصاً بالمسلمين» ومارس هذان المجلسان نشاطهما في المناطق التي تسيطر عليها الحركة في رومبيك ويامبيو وكاودا وبعد اتفاقية السلام الشامل ومجيء حكومة الجنوب اندمج مجلس الكنائس الجديد والقديم «الحكومي» وصار سكرتير مجلس كنائس السودان الجديد القس بيتر نتبي سكرتيراً لمجلس كنائس السودان، ولكثرة الجمعيات والجماعات الدينية الاسلامية والحديث ما زال لدكتور زين العابدين في الشمال أسست حكومة الجنوب مصلحة للشؤون الدينية ستخضع إدارتها لوزارة الرعاية الاجتماعية مهمتها تنسيق أوضاع المسلمين بالجنوب يقف على رأسها الفريق عبدالباقي وهو شخص له قبول بين الجنوبيين كافة. وأفاد د. الطيب زين العابدين ان الحركة ليست لها عداءات مع الكنيسة عموماً ولكن قد تقع لها احتكاكات مع الكنائس عموماً في مسألة الأرض لأن للكنائس ممتلكات شاسعة من الأراضي والمراكز الصحية والمدارس، وتحتاج الحكومة الإقليمية في الجنوب في مشاريعها التنموية لبعض الأراضي كما تحتاجها للمباني، وأيضاً هناك مجال للاحتكاك في مناهج التدريس فالحكومة الإقليمية مناهجها كينية بينما تدرس مدارس الكنائس المنهج القومي، إلا أن د. الطيب أوجز أن الاحتكاك بين الحركة والكنائس على قلته لن يكون مهدداً للعلاقة بين الطرفين.
