برزت خلافات داخل حكومة جنوب السودان بشان إيواء حركات دارفور المتمردة حيث تضغط قيادات بارزة على رأسها نائب رئيس حكومة الجنوب د. رياك مشار لإبعاد هذه الحركات تجنباً للتصعيد مع السودان ولتأثيرها السالب على الأوضاع المضطربة أصلاً في ولايات الجنوب. وابلغت مصادر مقربة من حكومة الجنوب (smc) أن رئيس حكومة الجنوب سلفاكير ميارديت يواجه ضغوطاً متزايدة عقب مقتل المتمرد خليل إبراهيم من المجموعة التي تدعو لتسليم قيادات تمرد دارفور توطئة لإغلاق ملف وجودها في جنوب السودان بصورة نهائية خاصة أنهم ارتكبوا جرائم تجاه بلدانهم بجانب احتمال إشاعتهم للفوضى وعدم الاستقرار في الجنوب بجانب توفير ميزانية الصرف على إقامتهم وتدريبهم.