على الرغم من ان معظم الاحزاب السياسية وعلى راسها شريكي حكومة الوحدة الوطنية واحزاب الأمة القومي والاتحادي الديموقراطي واحزاب الشيوعي والشعبي وغيرها من القوى السياسية سارعت الى مسجل الاحزاب بحسب قانون الأحزاب السياسية لسنة 2007م معلنة بذلك استعدادها لخوض الانتخابات القادمة الا ان ثمة عقبات تقف في طريق الانتخابات فهنالك احاديث عن صعوبة اجراء الانتخابات في موعدها الذي حددته المفوضية القومية للانتخابات فبراير القادم ،مما ينشيء خلافات تعتمل في الساحة السياسيه تزيد من فرص التعقيدات أمام مفوضية الانتخابات لإنجاز مهمتها في الزمن الذي قطعته على نفسها عبر جداولها المنشوره سابقا وبالاضافة الى الصعوبات والمتاريس التي تضعها قوى تطالب بانجاز التحول الديمقراطي اولا عبر تعديل القوانيين المقيدة للحريات والغاءها واستبدالها بقوانين ديمقراطيةً فان هنالك عقبات وعراقيل اخرى يضعها الشريك في حكومة الوحدة الوطنية الحركة الشعبية في وجه شريكها المؤتمر الوطني ستضع غير القليل من المتاريس في وجه مفوضية الانتخابات خاصة بعد رفض حكومة الجنوب وتحفظها على نتيجة التعداد السكانى الذي اعلنت نتائجه مؤخراً، عندما قال الفريق سلفاكير ميارديت نائب رئيس الجمهورية رئيس حكومة الجنوب في مؤتمر سلاطين الجنوب الذي عقد بمدينة بانتيو إنه غير راضٍ بنتيجة التعداد السكانى، داعياً لعدم الربط بين نتائج التعداد والانتخابات والعودة لنظام الدوائر الانتخابية القديم لتفادي الاعتراضات، معبرا عن استحالة قيام انتخابات في موعدها المحدد لعدم استقرار الأوضاع الأمنية بالجنوب وبالتالي فان الحركة الشعبية تطرح إثنين من العناصر التى تحول دون اجراء الانتخابات في موعدها وهما عدم الاعتراف بنتائج التعداد السكانى ودعمه الى عدم ربطه بالانتخابات واعتماد نظام الدوائر القديم، بالاضافه للاوضاع الأمنية غير المستقره، وأعتبرت الحركة الشعبية أن الخلاف حول نتائج التعداد السكاني ينبه مبكرا إلى تزوير في الانتخابات المقبلة، وحذرت من أن ذلك سيؤدي لانهيار البلاد، وما تذهب اليه الحركة الشعبية فيما يبدو يجد تأييدا ودعما من منظمات دولية وفي هذا الاتجاه يقول مسؤولون في الاممالمتحدة وعاملون في مجال الاغاثة ، إن الاشتباكات القبلية الكثيفة التي شهدها جنوب السودان خلال الأشهر الثلاثة الماضية يمكن أن تهدد الانتخابات الرئاسية والبرلمانية والمحلية المقررة في فبراير 2010م وقال الفريق سلفا كير ميارديت رئيس حكومة جنوب السودان ورئيس الحركة الشعبية لتحرير السودان ، إن القتال القبلي قد «صمم» لتوتير الاوضاع في الجنوب والقول ب «عدم فعالية» حكومته ويرى مسؤولون جنوبيون أن هذه الموجة الأخيرة من العنف القبلي يمكن أن يستفيد منها منافسوهم من شمال السودان في الانتخابات القادمة . و يخشى اليوم من أن يؤدي استمرار وتيرة العنف التي اوقعت 900 قتيل وشردت 20 ألفاً خلال الأشهر الثلاثة الماضية، إلى تعطيل سير الانتخابات.
