حذر التقرير الإستراتيجي للمركز العربي للدراسات والتوثيق المعلوماتي السودان ومصر من الإستهداف الإسرائيلي للأمن القومي للبلدين بعد قيام دولة جنوب السودان ، ودعا البلدين للسمو فوق شوائب الماضي لبناء علاقات تكاملية وشراكة كاملة لمواجهة هذا الاستهداف. وكشف تقرير المركز الذي جاء تحت عنوان (دولة جنوب السودان والتحديات الكبرى في مواجهة كل من مصر والسودان) إن إسرائيل باتت ترسم وتطبق خارطة التفاعلات في دولة الجنوب ، مشيراً للتحديات التي تواجه مصر مستقبلاً إنطلاقاً من جنوب السودان خاصة ان السودان في الشمال المجاور بات على خط التماس من هذه الدولة وهو ما سيلقى بتأثيراته على مجمل الوضع المصري إضافة لتحديات تهديد الأمن القومي المصري بتعقيد الأزمة المائية مستقبلاً ، إضافة لتنامي ظاهرة الإستقطاب الديني الذي سيكون عاملاً محفزاً للإحتقان الطائفي داخل مصر. وأكدت الدراسة ان أهمية السودان في كونه عمقاً إستراتيجياً لمصر قد تراجع نتيجة لتعميق الهوة معه ونظام مبارك الذي دعم الجيش الشعبي وساهم في إتباع مواقف ساعدت على إنفصال جنوب السودان.