حظيت زيارة الرئيس السوداني المشير عمر البشير لمدينة جوبا حاضرة جنوب السودان التي وصل اليها صباح الجمعة 12 أبريل 2013م ، على رأس وفد رفيع المستوى في زيارة رسمية تستغرق يوماً واحداً ، حظيت باستقبال كبير وحفاوة بالغة في الاستقبال والوداع. وكان في استقباله بمطار جوبا الدولي الفريق سلفاكير ميارديت، وكبار المسئولين بالدولة وسط إستقبالات رسمية وشعبية حاشدة . واجري الرئيس البشير خلال الزيارة والوفد المرافق له ، مباحثات مشتركة حول عدد من القضايا ذات الإهتمام المشترك، خاصة فيما يتعلق بسبل تنفيذ إتفاقيات التعاون المشترك بين البلدين. وأثمرت زيارة الرئيس السوداني عمر البشير عن اتفاق للخرطوم وجوبا على تكوين لجنة وزارية عليا لإكمال ماتبقى من تنفيذ الاتفاقات الموقعة بينهما ومعالجة القضايا العالقة لاسيما قضية منطقة أبيي وإنفاذ ترتيبات الحدود. وقال البشير إن زيارته بداية لتطبيع العلاقات بين البلدين والتعاون عبر الحدود. وقال وزير الخارجية السوداني علي أحمد كرتي للصحافيين عقب عودة البشير من جوبا إن اللجنة الوزارية ستكون برئاسة نائبي الرئيسين في البلدين. وأكد كرتي أن هناك روحاً جديدة بعثت في علاقات البلدين بزيارة البشير تمثلت في التزام قيادة البلدين بإكمال تنفيذ كل ما اتفق عليه سابقاً بالطريقة المثالية. ونقلت وكالة رويترز عن الرئيس السوداني قوله إنه تم الاتفاق والتعاون على كافة الترتيبات اللازمة حتى تضخ الدماء في شرايين الاقتصاد بالبلدين. وقال كير "أنا والرئيس اتفقنا على تنفيذ كل اتفاقات التعاون". وقال بيان مشترك في ختام المباحثات بجوبا إن الرئيسين عمر البشير وسلفاكير بحثا كيفية إحراز تقدم في بقية القضايا العالقة ، وقررا مواصلة الجهود المشتركة لحل مشكلة أبيي وفقاً لمصفوفة إنفاذ الاتفاقيات الموقعة بين البلدين. وأضاف البيان ان الرئيسان عبرا عن رضائهما التام عن آلية لقاءات القمة بينهما واتفقا على إنشاء لجنة وزارية عليا مشتركة يرأسها نائبي الرئيس بالبلدين وتضم عدداً محدوداً من الوزراء لتسريع اتخاذ القرارات لتطوير العلاقات". وأكد الرئيسان تنفيذ اتفاقية التعاون المشترك التي وقعت في أديس أبابا في 27 سبتمبر 2012م بذات الروح الإيجابية البناءة التي سادت بين البشير وسلفاكير. وعبر البيان عن رضاء البشير وسلفا التام على التقدم في إنفاذ جميع بنود مصفوفة إنفاذ الاتفاقيات ، وأشاد بالتقدم السلس في تنفيذ الترتيبات الأمنية والنفط والتعاون بين البنكين المركزيين في البلدين. ووجه الرئيسان جميع الآليات واللجان المشتركة بينهما للإسراع في تعزيز العلاقات بين البلدين في كافة المجالات. وقدم البشير الدعوة لسلفاكير لزيارة الخرطوم قريباً لتسريع الجهود المشتركة لتقوية وتعزيز العلاقات بين البلدين الشقيقين ودفع جهود التعاون البناءة بينهما.
