دعت قوى سياسية اسلامية سودانية إلى انفراد المجلس العسكري الانتقالي بالسلطة السيادية خلال الفترة الانتقالية مع تكوين حكومة مدنية وهيئة برلمانية لإعداد القوانين ومراقبة اداء الحكومة. الفريق أول عمر زين العابدين وجاء الاعلان عن هذه المقترحات اثر لقاءات جرت الثلاثاء بين اللجنة السياسية للمجلس ووفود من حزب المؤتمر الشعبي والتنسيقية الوطنية للتغيير والبناء. وقال إدريس سليمان الأمين السياسي لحزب المؤتمر الشعبي في تصريح لوكالة الانباء الرسمية سونا الثلاثاء ان الجيش لعب دورا حاسم في ترجيح كفة التغيير في البلاد بعد انحيازه للشعب. وأوضح إن المؤتمر الشعبي لا يرغب في المشاركة في حكومة الفترة الانتقالية مشيرا إلى أنها يجب ان تكون مكونة شخصيات مستقلة سياسيا من ذوي الكفاءة والخبرة والدراية. وأضاف "نحن لسنا مع خيار مجلس عسكري مدني فإما أن يكون عسكريا سياديا أو سياديا مدنيا ". وقال ان مدة الفترة الانتقالية يجب أن تكون عاما واحدا مع ضرورة تسيير هذه الفترة عبر دستور انتقالي وكشف أن حزبه تقدم بمقترح دستور انتقالي للمجلس العسكري. إلى ذلك تلقت اللجنة السياسية للمجلس العسكري مقترحات التنسيقية الوطنية للتغيير والبناء لإدارة شؤون البلاد خلال المرحلة الانتقالية . وتضم هذه المجموعة عددا من القيادات الاسلامية عرفت بانتقادها لحكومة الرئيس البشير. وأفاد الشفيع احمد محمد رئيس التنسيقية في تصريح لوكالة الانباء الرسمية سونا انهم يرون أن "يتولى المجلس العسكري الانتقالي امر سيادة البلاد خلال المرحلة الانتقالية بجانب حكومة مدنية من كفاءات مستقلة فضلا عن مجلس تشريعي يراقب الأداء التنفيذي." وأضاف ان الدستور الانتقالي للعام 2005م والتعديلات التي أجريت عليه حتى العام 2011م يعد أصلح وثيقة للمرحلة الانتقالية تأتي بعدها جمعية تاسيسية لوضع دستور دائم للبلاد. وكان المجلس العسكري قد أعلن عن استعانة اللجنة السياسية بمجموعة من الخبراء وأساتذة الجامعات لدراسة المقترحات المقدمة من مختلق القوى السياسية والاجتماعية لإدارة البلاد. كما ان أعلنت قوى الحرية والتغيير عن تعليق الاتصالات مع هذه اللجنة في الوقت الذي دعا في تجمع المهنيين السودانيين لتنظيم احتجاجات شعبية ضد المجلس العسكري لإجباره على تسليم السلطة لقوى الحرية والتغيير والاعتراف بشرعيتها الثورية.
