اتهم رئيس مجلس السيادة في السودان، الفريق أول عبد الفتاح البرهان، أنصار الرئيس المعزول عمر البشير بالسعي لتنفيذ انقلاب عسكري للعودة من جديد الى السُلطة. وتظاهر أنصار البشير عدة مرات خلال الأسابيع المنصرمة، في ولايات متفرقة للضغط على قادة الجيش لاستلام السُلطة، وفقًا لشعاراتهم. كما ظلوا يروجون في وسائل التواصل الاجتماعي لترتيبات تجريها خلايا تابعة للنظام السابق لانقلاب عسكري وشيك. وكشف البرهان في مقابلة على تلفزيون السودان، رصدتها "سودان تربيون"، السبت عن تلقيهم رسائل تهديد من أعضاء حزب البشير المحلول، تشير إلى عزمهم تهديد الفترة الانتقالية والترويج لانقلابات عسكرية داخل الجيش، وأفاد بأن هذه الرسائل مستمرة مُنذ الأسبوع الأول لنجاح الثورة. وقال: "وصلتنا رسائل تهديد من أعضاء المؤتمر الوطني بعد استقرار الفترة الانتقالية، والترويج لانقلابات وسط الجيش وذلك منذ الأسبوع الأول للتغيير". وتابع: "حزب البشير، هو المتضرر الوحيد من انحياز القوات المسلحة للشعب لذلك يحاولون الوقيعة وزرع بذور الفتنة وكل الدلائل والرسائل التي وصلتنا قالوا فيها انهم لن يسمحوا بعبور الفترة الانتقالية دون انقلاب". وقال البرهان إن هناك ترتيبات لجمع المعلومات للقبض على الأشخاص الذين يرجون لزعزعة الفترة الانتقالية والانقلابات العسكرية، تمهيدًا لمحاكمتهم، وأشار إلى وجود قوى سياسية – لم يسمها-تحاول خلق خلايا تابعة لها في الجيش بهدف اختراقه. آخر لحظات البشير وأفاد البرهان بأنه كُلف مع ضابطين، من المجلس العسكري الذي كان يقوده وزير الدفاع الأسبق عوض ابن عوف، بإبلاغ الرئيس عمر البشير بقرار عزله والتحفظ عليه. وقال: " كان معي اثنين من الضباط وعندما وصلت لتنفيذ المهمة وجدت نفسي لوحدي ولم أسألهم حتى الأن عن دواعي تخلفهم". وكشف البرهان عن قيامه ونائب مدير جهاز الأمن في عهد البشير الفريق جلال الدين الشيخ، وقائد قوات الدعم السريع الفريق محمد حمدان حميدتي، والفريق ياسر العطا الذي يتولي حاليًا عضوية مجلس السيادة؛ بإبلاغ عوض ابن عوف برفض المتظاهرين له. وعُزل المجلس العسكري بقيادة عوض ابن عوف، الرئيس عمر البشير عن الحُكم في 11 أبريل 2019، بعد خمسة أيام من استمرار اعتصام المحتجين أمام قيادة الجيش. واستقال ابن عوف عن رئاسة المجلس بعد ساعات من اذاعته بيان الانقلاب اثر رفضه من قبل المحتجين، ليتولى البرهان رئاسته. واعتذر البرهان للشعب السوداني عن فض اعتصام القيادة العامة، وأشار إلى أن التحقيقات -التي تُجري بواسطة لجنة تحقيق مستقلة -سوف تكشف الجناة. وفضت قوات عسكرية في الثالث من يونيو الفائت، اعتصام أمام مقر الجيش، مما أدي إلى مقتل 200 شخص وجرح ألف آخرين بحسب لجنة طبية معارضة، فيما تقول وزارة الصحة إن عدد القتلى لا يتجاوز ال 85 قتيل.