لاحت بوادر ازمة بين الخرطوموالقاهرة على خلفية مزاعم السلطات المصرية بحصولها على برقية صادرة من الرئيس السوداني عمر البشير الى نظيره المصري محمد مرسي بعد عزله بواسطة الجيش المصري. الرئيس عمر البشير لدى إستقباله محمد مرسي عند وصوله لمطار الخرطوم الخميس 4 ابريل 2013 (الفرنسية) وتتحدث عن اتخاذ النظام الحاكم في السودان لخطوات عملية ردا على اقصاء مرسي بواسطة القوات المسلحة. واعتبرت القاهرة العملية تدخلا سافرا في شؤونها الداخلية لكن الحكومة السودانية سارعت الى نفى البرقية واعلنت ان القصر الرئاسي لم يبعث برقية الى مرسي عقب الاطاحة به . واحتج عشرات الاسلاميين فى السودان الثلاثاء بالقرب من مبنى القنصلية المصرية على تدخل الجيش المصري وتقويض السلطة المنتخبة على حد قولهم. وكان المتحدث الرسمي باسم الجيش السوداني العقيد الصوارمي خالد سعد نفى بشدة الاثنين الماضي ادخال الخرطوم لاسلحة الى الاراضي المصرية لدعم احتجاجات الاسلاميين في مصر. ونفت وزراة الخارجية السودانية ارسال البشير لبرقية للرئيس المصري المعزول محمد مرسي باتخاذ الخرطوم لخطوات مغايرة على خلفية التطورات السياسية الاخيرة بمصر. وكانت المخابرات المصرية زعمت ان الرئيس عمر البشير ارسل خطاب لمرسي اعلن فيه اتخاذ النظام الحاكم في السودان خطوات مغايرة تجاه العملية التي حدثت في مصر ولم تفصح السلطات المصرية عن مضمون هذه الخطوات. وقال تعميم صحفي صادر عن وزارة الخارجية السودانية ان البرقية التي تزعم السلطات المصرية انها حصلت عليها لم تصدر عن البشير موضحة ان مانشرته السلطات المصرية محض افتراء ونسج وخيال مريض ومغرضة للنيل من العلاقات التي تربط البلدين الشقيقين. وجدد البيان تأكيد موقف السودان الذي اعتبر ان مايجري في مصر شأن داخلي وان الخرطوم واثقة من قدرات مصر في تجاوز الازمة الراهنة ورأب الصدع بين المصريين
