أثارت تصريحات المشير عمر البشير عن تعاون حكومته مع إيران ووقوفها ضمن الخط الايراني انزعاجاً كبيراً في دول الخليج. وأبدى عمر البشير لدى استقباله نظيره الإيراني في الخرطوم الإثنين 26 سبتمبر دعم حكومته لبرنامج طهران النووي وهو أمر ترى فيه دول الخليج تهديداً كبيراً لأمنها. وقال البشير (نؤكد دعمنا لحق إيران في الاستخدام السلمي للتقنية النووية). كما أعلن وقوف الخرطوم في الخندق الإيراني وابدى رغبة بلاده في تقارب أكبر مع طهران. وقال ( نعمل سوياً لبناء علاقة على اساس التعاون المشترك والاحترام وتبادل المصالح ونتطلع لتعاون اكبر مع إيران). وعبرت فعاليات إعلامية وشعبية خليجية عن استيائها من تصريحات البشير. ويعتقد الخليجيون أن تقارب حكومة السودان مع إيران ينبئ بتبعات خطيرة على العالم العربي وأنه يمهد لحصار مصر والجزيرة العربية بطوق إيراني يمتد من لبنان وسوريا ثم العراق إلى شمال اليمن الى اريتريا والسودان حالياً. ويرون أن تأييد البشير لنظام بشار الأسد حليفه الآخر في الخندق الإيراني يصطدم بشكل فج مع الإرادة الشعبية السودانية. كما يتهم الخليجيون نظام البشير بأنه اساء إدارة الازمة السودانية مما تسبب في خسارة العرب جنوب السودان بدلا من احتواء المشكلة وابقاء السودان موحداً. وضخت دول الخليج استثمارات تقدر ب30 مليار دولار في السودان لكن معظمها ذهب في قنوات الفساد الرسمية لنظام عمر البشير. وكانت تقارير إعلامية تحدثت عن عن تعاون عسكري سوداني إيراني في تهريب صواريخ ومعدات ليبية إلى إيران. وطالبت أصوات خليجية بعزل الرئيس السوداني نظراً لما يعدونه ( ارتماء في الأحضان الإيرانية (عوضاً عن تعميق علاقاته بأشقائه العرب لانتشال بلاده من أزمتها الاقتصادية الناجمة عن انفصال الجنوب. ووصل التضخم الاقتصادي في السودان الى 21 بالمائة وينتظر ان ينهار الاقتصاد السوداني قريباً اذا لم تسارع سلة من المساعدات الاقتصادية لانقاذه. ويسود امتعاض شعبي من ارتفاع اسعار المواد الغذائية بشكل قياسي ادى لموجة من الاحتجاجات ينتظر ان ترتفع مستوياتها مستقبلاً. لكن مراقبين يرون ان التعاون السوداني مع ايران لا يعدو كونه ابتزازاً للخليجيين والمصريين، ويعتقدون ان البشير يعاني من شعور باليأس من سياساته الخاطئة لذا يناور في إيهام العرب ان ايران اختارته حليفاً لها بديلاً عن النظام السوري الذي امتدحه البشير مؤخراً.