لقد حدثت عدة انعطافات خطيرة بالحركة الإسلامية في السودان التي تأسست أواخر الأربعينيات وقد كان أول أمين عام للحركة هو علي طالب الله وقد جاءت أفكار الحركة من مصر من تلامذة الشيخ حسن البنا مؤسس حركة الإخوان بمصر والعالم، وأما أول من أتى بأفكار الحركة هو الأستاذ جمال الدين السنهوري الذي أيده علي طالب الله والشيخ عوض عمر وبدوي مصطفى وبدأوا نشرها ثم استمر مجيئها بواسطة الطلاب السودانيين الذين يدرسون في مصر وتتلمذوا أو سمعوا من الشيخ حسن البنا ومنهم الشيخ صادق عبد الله عبد الماجد ومحمد صادق الكاروري وعلي عبد الله يعقوب. وكذلك قام بعض طلبة كلية غردون الجامعية سنة 1949م بأخذ هذه الأفكار وهم بابكر كرار وميرغني النصري ومحمد يوسف المحامي بإنشاء ما عرف بحركة التدين بالجامعة لمناوءة الشيوعيين الذين كانوا ينشرون الشيوعية والعلمانية بين طلاب الجامعة. وعندما حدثت انتخابات اتحاد الطلبة فاز برئاستها ممثل الإسلاميين الرشيد الطاهر، كما امتد تنظيم الطلبة الإسلاميين الى مدرستي حنتوب ووادي سيدنا الثانويتين ثم الى مدرسة خور طقت عندما أنشئت ثم اختطف طلاب الجامعة اسم الإخوان المسلمين من طالب الله ومجموعته وأسموا حركتهم بالجامعة بالإخوان المسلمين لشهرة هذا الاسم في مصر بعد حرب فلسطين واستبسال وجهاد الإخوان المسلمين أمام اليهود في حرب 1948م. فيما بعد بدأ الصراع بالجامعة بين التيار المنادي بالاهتمام بالتربية الروحية والذي يمثله وقت ذاك عبد الله محمد أحمد وحسن الترابي والرشيد الطاهر. والفريق الآخر المنادي بضرورة الاهتمام بالعمل السياسي أكثر من التربوي والذي يناصره بابكر كرار والنصري. وهنا انقسم وخرج كل من بابكر كرار وميرغني النصري من الحركة التي أسسوها وخرجوا سنة 1954م وحاولوا إنشاء حزب مستقل لكنهم لم يفلحوا وبقيت الغالبية العظمى المنادية بالتربية الروحية هي المسيطرة على الحركة، وكانت الحركة حركة صفوية للمثقفين وطلاب الجامعة. أما أول عمل سياسي لها فكان أثناء انقلاب الفريق عبود سنة 1958 1964م حيث اشترك الرشيد الطاهر الأمين العام للحركة في انقلاب عسكري قاده علي حامد وكبيدة اللذين أعدمهما نظام ابراهيم عبود بعد فشل الانقلاب وسجن الرشيد الطاهر زعيم الإخوان. وهنا كان أول تحرك للإخوان بجامعة الخرطوم حيث كان رئيس اتحاد الطلبة من الإسلامين وهو جعفر شيخ إدريس سنة 1959م فقاموا بإرسال مذكرة للرئيس عبود يطالبونه بعودة الجيش لثكناته والعودة للحياة الديمقراطية وقد سجن جعفر شيخ إدريس وبعض أعضاء اتحاد الجامعة كما تم فصل بعض القضاة الإسلاميين وهم: عثمان خالد علي محمود ثم كان قيام ثورة أكتوبر سنة 1964م ضد نظام عبود وكان يسيطر الإخوان بالجامعة على الإتحاد وكان رئيس الاتحاد حافظ الشيخ ونائبه مجذوب البر الذين وافقوا على قيام ندوة بالجامعة عن مشكلة الجنوب تحدث فيها الدكتور حسن الترابي ونادى بضرورة رجوع الجيش إلى ثكناته وعودة الديمقراطية حتى تحل مشكلة الجنوب، وهنا حدثت المواجهة بين طلاب الجامعة وحكومة عبود حيث قتل الطالب القرشي في الندوة الثانية والتي أشعلت المظاهرات ضد عبود وتزعم الترابي المطالبة بتسليم الجيش الحكم للشعب وكانت ثورة أكتوبر سنة 1964م وهنا كون الإسلاميون أول حزب سياسي سمي بجبهة الميثاق الإسلامي وأصبح الترابي أميناً عاماً للحزب والحركة وفازت الجبهة في الانتخابات بخمس دوائر جغرافية، وفاز الترابي في دوائر الخريجين ولمع كشخصية سياسية كبيرة. وفي هذه الفترة خرج الرشيد الطاهر من تنظيم الإخوان وانضم للحزب الاتحادي الديمقراطي وكان خروجه ضربة على الحركة كمثل خروج بابكر كرار وميرغني النصري الذين أنشأوا الحركة بالجامعة. ومن المحطات الكبرى في تاريخ الحركة وانشقاقاتها انعقاد مؤتمر الإخوان عام 1969م حيث احتدم الصراع مرة أخرى بين المجموعة المنادية بضرورة الاهتمام بالتربية الروحية والذين يمثلهم الشهيد محمد صالح عمر وجعفر شيخ إدريس وصادق عبد الماجد وإبراهيم الدسوقي، والفريق الآخر الذي يريد الاهتمام الأكثر بالسياسة والذي يمثله هذه المرة حسن الترابي وعثمان خالد وإبراهيم السنوسي وكاد يحدث انقسام كبير في الحركة لولا قيام جعفر نميري بانقلاب مايو الشيوعي سنة 1969م وحينها تم القبض على الترابي وقيادات الإخوان وقيادات الأحزاب الأخرى كالزعيم إسماعيل الأزهري والصادق المهدي وآخرون وزج بهم في السجون مما جعل الإخوان يتركون الانقسام ويتحدون لمواجهة الخطر الشيوعي الداهم وهجمتهم الشرسة على الإسلاميين من خلال انقلاب جماعة مايو ونميري. ثم كانت المواجهة بين الأنصار بزعامة الإمام الهادي وقوات نميري في معركة الجزيرة أبا المشهورة والتي استشهد فيها محمد صالح عمر بينما قتل الإمام الهادي في الكرمك أثناء هجرته وقبض على الشيخ الكاروري وحوكم بالإعدام ثم خفض الى السجن المؤبد وتم سجن الإسلاميين والأنصار وبعد ذلك حدث الانقلاب الشيوعي على نميري برئاسة هاشم العطا سنة 1971م ومعه بابكر النور وعثمان حمد الله، وقد قام نميري بضرب الشيوعيين عند رجوع نظامه وأعدم قادتهم عبد الخالق والشفيع إضافة للعسكريين ثم كانت حركة حسن حسين الانقلابية ثم حركة محمد نور سعد أو ما عرف بحركة المرتزقة بقيادة الشريف حسين الهندي «الحزب الاتحادي» والأمة والإخوان المسلمين، ثم كانت المصالحة بين الصادق المهدي والنميري منفردين مما أغضب الإخوان وقاموا بمصالحة نميري سنة 1976م. وهنا كان الانفصال الكبير الثاني للحركة سنة 1977م لمعارضة مجموعة من الإخوان للمصالحة مع النميري بزعامة صادق عبد الماجد والحبر نور الدائم والدكتور مالك بدري وعلي جاويش ومحمود برات وسليمان أبو نارو ومجموعة من الاخوان وأنشأوا حزب الإخوان المسلمين الذي يعتمد على التربية أكثر من السياسة واستمرت جماعة الترابي في اعتمادها على السياسة أكثر وهم غالبية الجماعة حتى انقلب عليهم النميري سنة 1985م وهنا تحركت المعارضة وقامت ما تعرف بانتفاضة ابريل سنة 1985م وسقط نظام نميري وجاءت الديمقراطية الثالثة. وهنا أنشأت مجموعة الترابي حزبًا جديدًا وهو ما عرف بالجبهة الإسلامية القومية وحازوا على دوائر عديدة وأصبحوا الحزب الثالث بعد الأمة والاتحادي الديمقراطي واشتركوا في حكومة قومية مع الاتحادي والأمة حتى عام 1989م فظهر ما عرف بمذكرة الجيش التي حاولوا فيها إبعاد الجبهة الإسلامية من الحكم وهنا قام العميد عمر البشير بما عرف بثورة الإنقاذ سنة 1989م بمعاونة الجبهة الإسلامية، وبعد ذلك تم حل الحركة الإسلامية ثم عملية إهداء المصاحف للرعيل الأول من الإسلاميين وتسليم الراية للرعيل الثاني برئاسة علي عثمان وشبان الحركة، واستمر الحال كذلك حتى سنة 1998م حيث ظهر صراع بين البشير والترابي وجاء بما عرف بمذكرة العشرة وهم: عثمان خالد إبراهيم عمر احمد الإمام غازي نافع بكري الخطيب حنفي مطرف وتورين. وقد نادت المذكرة بتقليص صلاحيات الأمين العام الدكتور الترابي وإنهاء الازدواجية. ثم جاءت الطامة الكبرى فكان الانقسام الأكبر في تاريخ الحركة سنة 2000م أو ما عرف بانقلاب 5 رمضان حيث الاختلاف الكبير بين الرئيس البشير ومجموعته وهم علي عثمان وإبراهيم عمر وبكري وعثمان خالد وعلي عبد الله يعقوب وآخرون، والجناح الآخر بقيادة الترابي وعلي الحاج وإبراهيم السنوسي وعبد الله حسن أحمد والحاج آدم ومحمد خليفة من العسكر وآخرون.أو ما عرف بالاختلاف بين القصر والمنشية أو بين السياسة والقداسة، وهل الحزب يرأس الحكومة أم الحكومة ترأس الحزب؟؟ وقد انتصر جناح الحكومة والسياسة على القداسة والحزب. وأيدتهم مجموعة كبيرة من الإسلاميين وبقيت مجموعة الترابي والقداسة صغيرة ومحصورة مما اضطر الترابي لإنشاء حزب جديد وهو المؤتمر الشعبي. وبقي البشير ومجموعته محتفظين بالحزب القديم «المؤتمر الوطني» ويعتبر الترابي أعظم قائد للحركة الإسلامية منذ إنشائها، كما انضمت للترابي مجموعة دارفور بزعامة علي الحاج إضافة لمجموعات أخرى منهم: مجموعة بحر ابو قردة وبشير نيام الذين رجعوا بعد صلح الدوحة مع حركات دارفورية للحكومة، كما رجع للمؤتمر الوطني الحاج آدم الذي أصبح فيما بعد نائباً للرئيس البشير. وهنالك مجموعة الذين انضموا أولاً للمؤتمر الشعبي ثم عادوا لحظيرة المؤتمر الوطني. ومنهم عمر سليمان و عيسى بشري وحاج ماجد سوار وآخرون. كما خرج من المؤتمر الوطني مكي علي بلايل وأمين بناني المحامي الذين حاولوا إنشاء حزب. وكذلك رجع للمؤتمر الوطني محمد الحسن الأمين وعمر ياسين الذين انضموا أولا للمؤتمر الشعبي. ومن الرعيل الأول فقد انضم المرحوم موسى ضرار وياسين عمر لمجموعة الترابي، وعاد موسى ضرار للوطني قبل وفاته ووقف ياسين عمر في منزلة بين المنزلتين حتى وافاه الأجل المحتوم. أما من الرعيل الأول الذين وقفوا مع المؤتمر الوطني الشيخ محمد صادق الكاروري ومحمد يوسف المحامي وأحمد عبد الرحمن وعلي عبد الله يعقوب ومعهم غالبية أعضاء الحركة الإسلامية. ومن المجموعة المنشقة ما يعرف بمنبر السلام العادل بزعامة الطيب مصطفى. وهنالك مجموعة ما يعرف بمفكري الحركة وهم يقفون الآن في الحياد ينصحون تارة وينتقدون أحياناً أخرى وهم : د/الطيب زين العابدين «جماعة التغيير» د/ حسن مكي د/التجاني عبد القادر. وأخيراَ جاء انفصال مجموعة ما يعرف بحركة الإصلاح الآن بزعامة د/ غازي صلاح الدين وحسن رزق الله ود/ فضل الله ومحاولتهم إنشاء حزب جديد كما حدث للمنشقين سابقاً. وقد كانت كل الانشقاقات ضعيفة وقليلة العدد وأن الجسم الأكبر بقي مع مجموعة المؤتمر الوطني والبشير حتى يومنا هذا.
