كشف تقرير عن ضعف وتلاعب في إدارة أموال جامعة أم درمان الأهلية، الأمر الذي تسبب في تدهور مريع في ميزانيات الجامعة ووضعها المالي والإداري واستقرارها، وكشف التقرير الذي أعدته لجنة برئاسة أحمد حسن الجاك، الخبير الاقتصادي، عن أن الجامعة أقرضت عددا كبيرا من الشركات ورجال الأعمال وصحفيين مبالغ ضخمة بغرض استثمارها بنظام الفائدة، منذ 2001، وأن كثيرا من الشركات ورجال الأعمال لم يلتزموا بسداد القروض ولا فوائدها، وأشار التقرير الذي أعد في 2004، إلى أن تأخير السداد ترتب عليه ضياع مبالغ مالية كبيرة كان يمكن أن تؤثر على وضع الجامعة المالي والإداري، كما أشار إلى عدم تقيد الإدارة المالية للجامعة بالنظم المحاسبية بتقييد الإيرادات، وقال مصدر إن أموال الاستثمار التي وردت في التقرير، لم تعد إدارة الجامعة تذكرها ولا يعرف أحد مصيرها، وأضاف المصدر: "هذه الأموال لا يعرف مصيرها أحد، لا أصولها ولا فوائدها الربوية"، ووجه كثيرون انتقادات لمجلس أمناء الجامعة لجهة أنه سمح بإقراض أموال الجامعة لمستثمرين وشركات، بعضها لا يعمل في مجالات تهم الجامعة، ومن بين الشركات التي اقترضت من جامعة أم درمان الأهلية مجمع صناعي اقترض (71) مليون دينار، وشركة يوسف العشي، والشركة السودانية لصناعة الصابون، كما اقترض رجال أعمال وشركات مبالغ بعملة الدولار بلغت في 2004، أكثر من (400) ألف دولار، ومن بين الشركات التي اقترضت بالدولار شركة سوديو وشركة الخليج اللتين حصلتا على أكثر من (100) ألف دولار. يذكر أن الجامعة ظلت تشهد اضطرابات وإضرابا للأساتذة منذ أكثر من ثلاثة أشهر، طالبوا خلالها بإعفاء مدير الجامعة والمدير المالي، وأشار التقرير إلى ضرورة تفعيل لوائح الجامعة وتعديل قانون (1995) الذي يعطي مجلس أمناء الجامعة صلاحيات واسعة، غير أن توصيات التقرير في هذا الجانب لم يعمل بها إلى اليوم اليوم التالي
