أعلنت حكومة جنوب السودان عدم اعترافها باتفاقية مياه النيل الموقعة في العام 1959م ووصفتها بالاتفاقية الاستعمارية غير العادلة التي تعطي دول المنبع مصر والسودان النسبة الأكبر من المياه. وقال وزير الري والموارد المائية بحكومة الجنوب بول ميوم في تصريحات صحافية في جوبا ان جنوب السودان سينضم لاتفاقية دول المنبع التي وقعتها يوغندا وكينيا واثيوبيا ورواندا وتنزانيا من أجل توزيع أكثر انصافا لمياه النيل. مضيفا ان جنوب السودان لم يؤخذ برايه ولم يكن يمتلك ارادته عند توقيع تلك الاتفاقية. وتجئ تصريحات ميوم عقب أيام قليلة من زيارة لرئيس الوزراء المصري هشام قنديل لجوبا تم خلالها التوقيع علي عدة اتفاقيات للتعاون بين البلدين ، كما تم خلالها مناقشة موضوع اتفاقية مياه النيل. وجاءت زيارة قنديل لجوبا قبل شهر من المؤتمر الاقليمي لدول حوض النيل الذي سيعقد في العاصمة الاثيوبية أديس ابابا في ابريل المقبل. يجدر بالذكر ان الخلاف بين دول المصب والمنبع يتمثل في ثلاث نقاط أساسية هي الأمن المائي والموافقة المسبقة والحقوق التاريخية لمصر والسودان في مياه النيل التي تعطي مصر 55.5 مليار متر مكعب ، والسودان 18.5 مليار متر مكعب بما يمثل حوالى 80% من مياه النيل.