في 1953 اندمجت أحزاب الأشقاء والاتحاديين والأحرار الاتحاديين ووحدة وادي النيل في حزب واحد، وهو الحزب الوطني الاتحادي بزعامة الرئيس إسماعيل الأزهري. وفي 1954 استقال من الحزب كل من ميرغني حمزة وخلف الله خالد وأحمد جلبي، الذين قاموا بتكوين حزب «الاستقلال الجمهوري»، وحظي هذا الحزب بتأييد السيد علي الميرغني الذي لم يكن في ذلك العام على اتفاق مع الحزب الوطني الاتحادي ولا زعامته بشأن مستقبل العلاقات بين السودان ومصر. لم يكتب البقاء طويلاً لحزب الاستقلال الجمهوري رغم تأييد السيد علي الميرغني،إذ تم حله عام 1956م ونشأ حزب جديد وهو حزب الشعب الديمقراطي الذي قام بمساندة من الختمية ورأسه علي عبد الرحمن الصديق المقرّب لإسماعيل الأزهري منذ عهد مؤتمر الخريجين وحزب الأشقاء، وظل حزب الشعب الديمقراطي الحزب السياسي والوحيد للختمية حتى 1956م، حيث اندمج في ذلك العام مع الحزب الوطني الاتحادي مكوناً «الحزب الوطني الديمقراطي» برئاسة إسماعيل الأهري، وأصبح علي عبدالرحمن نائباً للرئيس، وانضم للحزب عدد من الأحزاب بما في ذلك الأحزاب الداعية للتعاون مع مصر أو إنجلترا من أبناء شمال السودان. وكونت أول حكومة بعد نظام عبود شارك فيها إسماعيل الأزهري رئيساً لمجلس السيادة ممثلاً للحزب الاتحادي الديمقراطي والصادق المهدي رئيساً للوزراء عن حزب الأمة حتى عام 1969، حينما استولى العقيد وقتها جعفر نميري على الحكم. وبعد وفاة الزعيم إسماعيل الأزهري في عام 1969 تولى الشريف حسين الهندي زعامة الجبهة الوطنية المعارضة لنظام مايو 1969م، وفي عام 1976م حاولت الجبهة القيام بعملية مسلحة من ليبيا، ولكنها فشلت، واستمر الشريف حسين زعيماً للجبهة الوطنية المعارضة حتى وفاته في اليونان في أثينا عام 1981، وتولى زعيم طائفة الختمية السيد محمد عثمان الميرغني زعامة الجبهة الوطنية المعارضة حتى عام 1985، وشارك الحزب الاتحادي الديمقراطي في الانتخابات، وكان رئيس مجلس السيادة السيد أحمد الميرغني ورئيس الوزراء الصادق المهدي.. واستمرت هذه الحكومة حتى عام 1989 عند انقلاب الإنقاذ، وكون الاتحادي تحالفاً مع المعارضة مرة و أخرى مع د. جون قرنق رئيس الحركة الشعبية، فقد كانت هناك علاقة وطيدة بين السيد محمد عثمان زعيم الحزب وجون قرنق بعد اتفاقية عام 1988م التي أحدثت خللاً داخل الحكومة أدى إلى انسحاب السيد محمد عثمان من الحكومة في ذلك الوقت. بعد انقلاب الإنقاذ حدث تغير في اتجاه الحزب، فقد حدث عدد من الانقسامات، وكان أبرزها عام 1998 بزعامة الشريف زين العابدين الهندي وتوالت الانقسامات وتعددت الأحزاب وهي الحزب الاتحادي الديمقراطي المسجل وهذا كان بزعامة زين العابدين الهندي، وبعد وفاته تولى د. جلال يوسف الدقير رئاسة الحزب، الحزب الاتحادي الديمقراطي المرجعيات، والحزب الاتحادي الديمقراطي الموحد وكان بزعامة محمد إسماعيل الأزهري، وبعد وفاته أصبح تحت رئاسة السيدة جلاء الأزهري.. وهناك أيضاً الحزب الاتحادي الديمقراطي والهيئة العامة ومجموعة الشيخ أزرق طيبة وانضمت إلى زعامة السيد محمد عثمان الميرغني.. إن الحزب الاتحادي الديمقراطي الأصل هو أكبر الاحزاب الاتحادية وأكثرها جماهيرية لأنه هو الحزب التاريخي الذي لم تتخلَ عنه جماهير الختمية خاصة بعد الانقسامات التي قادتها التيارات التي تعتبر امتداداً للحزب الوطني الاتحادي.. ولا تحظى معظم الأحزاب المنشقة بقاعدة جماهيرية كبيرة لأنها تفتقر لقيادات تاريخية، فيما حصل الجناح الذي قاده د. جلال الدقير بزخم إعلامي كبير بعد مشاركته في الحكومة وحصوله على عدد من المواقع الوزارية.. وفي كل الأحوال إن الانقسامات والتفتت الذي حدث داخل الحزب قد أثر على الحزب وقدراته التنظيمية،لأنه فقد عدداً من القادة الذين يتمتعون بقدرات ومؤهلات سياسية جيدة كان من الممكن للحزب أن يستفيد منها.. والحقيقة أن الحزب الاتحادي الديمقراطي بمسمياته المختلفة فقد ريادته باعتباره الوجه الذي كانت تلتف حوله كل الطبقة الوسطى منذ الانقسامات الأولى التي حدثت في الخمسينيات، ولن يستعيد قوته إذا لم تختفي الانشقاقات داخله.
