طالب الاتحاد المهني للمهندسين الزراعيين برفع الضرر الذي لحق بهم جراء نزع الأراضي الزراعية بغرض الاستثمار والسكن التي سعى الاتحاد لتمليكها لعضويته، وتم التصديق لهم بمساحة تقدر ب(25) ألف فدان في وادي سوبا شرق، لتوزَّع على ما يزيد عن (5000) مهندس زراعي في العام 2006م، حيث دفع المهندسون الرسوم المقدرة، وقاموا باستلام العقودات وشهادات البحث للأراضي الموزعة، كل عضو باسمه. وأوضح حسن إبراهيم الأمين العام للمجلس أنه قبل استلام الاتحاد للمساحة على الطبيعة قامت ولاية الخرطوم في عهد د. عبدالحليم المتعافي بنزع هذه الأراضي بحجة احتجاج الأهالي وعدم معرفتهم للمنح وعدم مشاورتهم، وأن لديهم اعتراضات قد تؤدي إلى إراقة الدماء في هذه الأراضي، مشيراً إلى أن الاتحاد قام وباسم بعض أصحاب الحيازات برفع دعوى قضائية ضد ولاية الخرطوم معترضين على النزع، وامتد التقاضي حتى وصل إلى المحكمة العليا والتي أصدرت في العام 2009م حكماً بصحة قرار النزع مع تعويض أصحاب الحيازات عن الأراضي التي نزعت منهم، حيث أكد م. جودة الله عثمان وزير الزراعة الأسبق على الموافقة المبدئية على التعويض في منطقة وادي الحسين، وكوَّن لجنة للجلوس مع الأهالي للاتفاق حول هذا، وقال حسن في حديثه ل(آخر لحظة) لقد ظللنا نتابع إنفاذ ذلك إلى أن تم التعديل الوزاري الجديد بولاية الخرطوم وجاء الوزير أزهري خلف الله، وقد اجتمعنا به ووعد بحل المشكلة، ووجه خطاب التصديق إلى إدارة الأراضي بالوزارة والتي قامت بدورها بتحويله إلى إدارة الاستثمار، إلا أن المساحة كبيرة، وأضاف أننا على المسار التنفيذي بالرغم من أن المسار القانوني لا يزال مفتوحاً، حيث يمكن الرجوع للمحكمة في أي وقت لإلزام الولاية بالتعويض، خاصة وأن الاتحاد يدعم عضويته تماماً، ويرى أن ضرراً قد وقع عليها بالنزع أولاً وبتأخير التعويض أخيراً، محذراً من التأخير في حلها، وقال إن كل الخيارات مفتوحة.
