حسب الترتيبات الأمنية الخاصة ببنود اتفاقية السلام الشامل والتي نصت على تخفيض القوات المسلحة السودانية، عملت وزارة الدفاع إلى جانب قوات الدفاع الشعبي في تنفيذ البروتوكول الأمني بشكل حرفي، وسرحت بموجبه أعداداً كبيرة من المحاربين، سواء كانوا ضباط أو ضباط صف، وقامت مؤسسة «DDR» باتمام البقية.. حيث سرحت الآن المقاتلين في ولاية جنوب كردفان وجنوب النيل الأزرق، وقامت باضرام النار في عدد كبير من الأسلحة الخفيفة، وذلك لإبادة الرشاشات التي استخدمت في الحرب السابقة، وأتى بها أصحابها طوعاً مقابل عدد من جوالات الذرة وجركانة زيت. تقدم د. أمبلي عبد الله العجب رئيس لجنة السلام والمصالحة والوحدة الوطنية، بمسألة مستعجلة وسؤال إلى وزير الدفاع عبد الرحيم محمد حسين، الذي أجاب فيه عن إنتشار القوات المسلحة على مساحة تزيد عن «1800» كيلو متراً، وهي الشريط الحدودي مع دولة الجنوب، مقابل سبع فرق تتبع إلى الجيش الشعبي من الدولة الجارة المشاكسة. أفاد الوزير أن إعادة هيكلة القوات المسلحة أُنجز منها الكثير، وتبقى البسيط، حيث تم إنشاء ثلاث فرق جديدة وهي الفرقة 20 مشاة في دارفور، والفرقة 21 في شرق دارفور والفرقة 22 بابنوسة. طالب الوزير بالدعم المادي من وزارة المالية، وسانده في الطلب أعضاء مجلس الولايات، والمال مطلوب جداً في هذه المرحلة الحرجة الفاصلة من تاريخ السودان، ولابد لوزارة المالية من توفير المال المطلوب لدى وزارة الدفاع التي أتى دورها للدفاع عن الوطن. الهيكلة المطلوبة لدى كافة الجهات الأمنية خاصة الشرطة التي وجب عليها أن تعيد هيكلة نفسها، وتسلم الشرطة المقاتلة بكامل عدتها وعتادها الى القوات المسلحة، وهي مدربة وجاهزة، فقط يتم تحويلها إلى فرقة حرس الحدود جنباً إلى جنب مع الفرق المنتشرة هناك، وتتفرغ الشرطة لأعمالها حسب القانون في مكافحة الجريمة، وتطور أجهزتها العاملة في ذلك. والهيكلة مطلوبة لدى جهاز الأمن الوطني والمخابرات، وضم هيئة العمليات بالجهاز بكامل عدتها وعتادها إلى رئاسة وزارة الدفاع، لتكون «قوات احتياطي» يدفع بها في المدن الرئيسية، وتكون فرقة قائمة بذاتها.إن فعلت الدولة هكذا، تكون قد وجدت المواعين الخاصة بالحرب وإدارتها وبالتالي تسهل عملية الإستفادة من الموارد، وبهذا الأمر نرفع الروح المعنوية لجنود القوات المسلحة، ونساوي بين كافة القوات على صعيد الجبهات القتالية، في المأكل والمشرب والمركب، والحرب القادمة طويلة لن يحلها مجلس الأمن، ولا مجلس الأمن والسلم، فوهة البندقية هي التي تحل القضية بين الشمال والجنوب.