أعلن بنك السودان المركزي عن تعديل سياساته للعام (2011) وجمد كل ما يختص بالبند (14) من برتوكول قسمة الثروة المتعلقة بالسياسة النقدية والعملة والإقراض وكل المنشورات المصرفية الصادرة بموجبه. وقرر البنك في التعديل تعليق العمل بالفصل الثاني الخاص بسياسات النظام المصرفي التقليدي بجنوب السودان الواردة بمنشور سياسات بنك السودان المركزي للعام 2011م والصادر بتاريخ 28/ ديسمبر 2010م. ووفقاً لبنك السودان فإن هذه الإجراءات تأتي في إطار التدابير والإجراءات الخاصة بانفصال جنوب السودان، بما فيها تعديل قانون بنك السودان، وعمم البنك منشوراً بتوقيع المحافظ إلى كافة المصارف والمؤسسات المالية العاملة بالبلاد بالخصوص. وفي ما يتعلق بتعامل المصارف السودانية مع المصارف بالجنوب قرر المركزي في خطاب موجه إلى المصارف والمؤسسات المالية العاملة بالبلاد أن يتم التعامل معها بذات الطريقة التي يتم التعامل بها مع المصارف الأجنبية الأخرى، وأن لا تتم التحويلات إلا بعد توفر (الغطاء) اللازم بواسطة البنك المراسل بالعملات الأجنبية القابلة للتحويل، كما يجب اتباع كافة الضوابط والإجراءات في عمليات الصادر والوارد والتعامل بالنقد الأجنبي بنفس الطريقة التي تتم بين المصارف في دولتين. إلى ذلك قرر محافظ بنك السودان، د. محمد خير الزبير، فصل مقاصة تحصيل الشيكات مع فروع المصارف التجارية العاملة بجنوب السودان اعتباراً من التاسع من يوليو وإيقاف تحصيل الشيكات الصادرة من المصارف العاملة بجنوب السودان وفروعها بواسطة المصارف السودانية بكافة أنواعها اعتباراً من نفس التاريخ، كما قرر فصل وإيقاف العمل بالنظم الإكترونية المتمثلة في الشبكة المصرفية ومحول القيود القومي من المصارف والفروع العاملة بالجنوب، ووجه المحافظ الصرافات وشركات الخدمات والتحاويل في قرار صادر منه جميع المؤسسات العاملة في هذا المجال ولها فروع بالجنوب أن تعمل فوراً على توفيق أوضاع فروعها هنالك. وعلى الصعيد الداخلي صدرت عدة قرارات متعلقة بفك الارتباط بين بنك السودان المركزي وبنك جنوب السودان في المجالات المحاسبية وشؤون الأفراد وغيرها. من جهة أخرى أكد بنك السودان المركزي أن التراجع الذي تشهده أسعار صرف العملات الأجنبية جاء نتيجة لعمليات الضخ التي وفرت للمصارف والصرافات مبالغ كافية من العملات الأجنبية تكفي لتغطية حاجتها لتمويل الاستيراد ومقابلة طلبات المواطنين للسفر والعلاج وغيره.
