أفتى الأمين العام لهيئة علماء السودان الدكتور محمد عثمان صالح بأن كل من وقع على وثيقة (الفجر الجديد) بالعاصمة الأوغندية كمبالا مؤخرا (خارج عن الدين) ، مشيرا إلى أن الوثيقة تدعو لفصل الدين عن الدولة . ونفى صالح إتهامات عن الهيئة بأنها تفتي لصالح السلطان، مؤكدا أن هيئتهم مستقلة ولا تتورع في تقديم النصح للحكومة ، مشيرا إلى أنهم لفتوا نظر الحكومة لحالات الفساد ومطالبتهم بمحاربته بجانب حسم التفلتات الأمنية . وأضاف الأمين العام لهيئة علماء السودان "لقد بح صوتنا ونحن ندعو للطهارة ونجرم الفساد ، ثم يقيدنا الواقع وحال الناس ، لكن ذلك لا يمنع سعينا لتطبيق الشريعة الإسلامية في الأنفس قبل الورق" وشدد صالح في حديثه على أن الوقت قد أزف لوضع دستور دائم يرضي أهل السودان ويتطابق مع أعرافهم وعقيدتهم وأن يكون نص الدستور من القرآن والسنة المطهرة ، بالإضافة إلى تجارب الأمة الأسلامية ، وقد وضعنا بالهيئة الموجهات وسلمناها للجهات المختصة بالدولة .