أثارت تسمية مواطني جنوب السودان الذين نزحوا جراء الحرب من دولة الجنوب، جدلاً وخلافاً بين الحكومة والأممالمتحدة، ووصفت الحكومة الجنوبيين بأنهم وافدون أسوة بالمواطنين لجهة خصوصية العلاقة مع دولة الجنوب ووجود الحريات الأربع، بينما وصفتهم الأممالمتحدة بأنهم لاجئون، وأشارت إلى وجود قوانين ولوائح تسمح بتقديم الدعم الكافي للاجئين، وكشفت أن عدد اللاجئين بلغ «61» ألف لاجئ، فيما ذكرت الحكومة أن عددهم بلغ «27» ألف بحسب معتمدية اللاجئين.