في وقت تسعى فيه دولة جنوب السودان لتوطيد علاقتها بإسرائيل عبر كل الطرق والوسائل نكاية في الخرطوم أو سعياً وراء كسب مادي أو دعم سياسي وعسكري، فإن هذه العلاقة لا شك سوف تؤثر سلباً في علاقتها بالدول العربية التي تسعى جوبا لأن تكون عضواً في جامعتها، ويبدو أن جوبا تريد أن تصنع لنفسها خلفية دينية تماهي بها نظام الخرطوم الذي ما فتئت تتهم هويته الدينية الواضحة المعالم بأنها السبب الرئيس في إشعال فتيل الحرب ومطالبة شعبه بالانفصال هرباً من الاضطهاد الديني. ويقول تقرير نشرته صحيفة «سودان تربيون» إن القادة الروحانيين من مختلف الطوائف المسيحية في جنوب السودان قد قدموا خطة لرحلة نائب الرئيس الدكتور رياك مشار إلى إسرائيل لأداء مناسك الحج تحقيقاً لما يزعمون أنه وعد الله في الكتاب المقدس. ووفقاً لبيان صادر عن السكرتير الصحفي لنائب الرئيس جيمس كديت داك فإن زعماء الكنائس قد أوضحوا لمشار أهمية الحج الذى وعد به الكتاب المقدس من قبل النبى أشعياء منذ أكثر من 3000 سنة، ووفقاً ل «سودان تربيون» فإن عدداً كبيراً من الجنوبيين يعتقدون أن الآية «3» من أشعياء «18» تشير إلى جنوب السودان، والتي تقول «أيها الناس عندما يتم رفع لافتة على الجبال وتسمع أصوات الأبواق تقدم الهدايا إلى الرب من قبل أناس طويلي القامة ناعمي البشرة، يبنون دولة عدوانية مهابة من قبل الجميع، ويتحدثون لغة غريبة، وتقسم الأنهار أراضيهم. وسوف تعرض الهدايا على جبل صهيون بدلاً من الرب عزَّ وجلَّ». وينتظر عدد كبير من الجنوبيين لا سيما رجال الكنائيس الذهاب إلى إسرائيل وأداء مناسك الحج وتقديم الهدايا على جبل صهيون، كما ناقش زعماء الكنائس مع الدكتور مشار خلال الاجتماع نوعية الهدايا التي يمكن تقديمها للرب بحسب زعمهم، وأهمية تمويل نقل الحجاج إلى إسرائيل، في وقت تسعى فيه جوبا إلى إنشاء سفارة لها بالقدس بدلاً من تل أبيب، ويخشى زعماء الكنائس من عقاب الله في حال لم يتم تقديم الهدايا، إذ يوجد فصل بعنوان «إن الله سيعاقب السودان في أشعياء «18»، وقد صدرت في الإصدار الدولي الجديد بالنبوة ضد كوش. ويرى التقرير أن المؤرخين يهملون عوامل مهمة أدت إلى فصل الجنوب من الشمال، إضافة إلى الصراع الديني وحواجز اللغة وتقسيم الموارد، وغيرها من الفوارق والمشكلات التي تراكمت على مدى الحقب التي مرت على تاريخ السودان، بحسب ما جاء في التقرير.