توقع وزير الخارجية السابق د. مصطفى عثمان إسماعيل أن تشهد العلاقات السودانية المصرية وضعاً أفضل في عهد الرئيس محمد مرسي، إلا أنه قال الطريق ليس معبّدًا أمام العلاقة بين البلدين، وكشف عن قضايا وتحديات ماثلة أمام انسياب العلاقة بين البلدين، وحمّل د. مصطفى نظام حسني مبارك إعاقة وعرقلة العلاقات السودانية المصرية واتهمه بالضلوع وتحمل جزء كبير من المشكلات التي يمر بها السودان. وأرجع د. مصطفى في ندوة مستقبل العلاقات السودانية المصرية أمس أسباب الخلاف الأساسي للعلاقة بين البلدين لاختلاف توجه نظام الإنقاذ عن النظام في مصر، وكشف إسماعيل أن نظامي تونس ومصر السابقين هما وراء ذهاب السودان لمجلس الأمن وفرض عقوبات عليه. إلى ذلك كشف د. مصطفى عن تقدم السودان بمقترح لمصر في عهد مبارك بشأن حسم ملف قضية حلايب، يتعلق باتفاق برنامج إداري متكامل بين السودان ومصر، وقال إن مبارك أبدى موافقته بشكل رسمي، لكنه طالب بإقناع ثلاث جهات رسمية مسؤولة بالدولة هي: «الخارجية والأمن والجيش» وأكد مصطفى موافقة الخارجية والأمن فيما اعترض بشدة الجيش المصري على المقترح، معتبرًا أن قضية حلايب من بين القضايا الداخلية في مصر.