تم تأسيسها عام 1902م باسم كلية غردون التذكارية وبلغت تكلفة بنائها «ألفين وسبعمائة جنيه« وتم افتتاحها في فبراير 1902م. في العام 1931م أُضيف فيها قسم يسمى القسم العمومي وبه درس أغلب الرعيل الأول من حملة مشاعل العلم بالبلاد. من أقسامها »قسم العرفاء« الذي عني بتخريج المعلمين وقسم القضاء الشرعي الذي عُني كذلك بتخريج القضاة الشرعيين. في العام 1036م أضيف قسم سُمِّي القسم العالي وهو القسم الذي تخرج فيه المعلمون الذين عملوا فيما بعد بالمدارس الثانوية. في نوفمبر 1921م تم تحويلها الى كلية جامعية بسبب تخرج طلاب المدارس الثانوية من مدرستي وادي سيدنا وحنتوب. وفي أكتوبر 1955م أصبحت جامعة الخرطوم. عبر تاريخها الممتد لمائة وعشر سنوات حدثت الكثير من الأحداث والشخصيات والمواقف. فيكفي أن جيل الاستقلال بأجمعة كانوا من خريجي هذه الجامعة، زائداً تبوؤ العديد من الأسماء لمجلس ادارتها بل ادارتها كأكاديميين ومن ضمنهم البروفيسور عبد الله الطيب ود. محمد إبراهيم الشوش وبروفيسور يوسف فضل حسن. ود. عبد الله أحمد عبد الله. من مدارس صغرى مثل مدرسة القانون ومدرسة الطب الى كليات ملء السمع والبصر زائداً تبعية عدد من المعاهد لها في أزمان مختلفة. مثل معهد شمبات الزراعي »كلية الزراعة الآن« ومعهد المعلمين العالي »كلية التربية الآن«.