تم تأسيسها لنقل الجيش البريطاني من شمال السودان لداخله وذلك في العام «1896م». بدأت هيئة السكة الحديد بهذا الخط الحديدي من شمال السودان وحتى الخرطوم بحري في سنوات حُسبت قياسية لهذا العمل المرهق، تمكنت الإدارة الاستعمارية من فتح السودان عن طريق المؤن والغذاء والإمدادات الكافية للجيش الغازي وهي محملة على عربات السكة الحديد. بدأت السكة الحديد بمحطات حلفا أبو حمد، عطبرة شندي ثم الخرطوم بحري. في العام «1912م» وصل الخط الحديدي للخرطوم ومنها انطلق القطار نحو غرب ووسط السودان.. في العام «1961م» بلغت السكة الحديد مرحلة الانتشار في جميع أنحاء السودان إذ وصل القطار إلى مدينة بابنوسة. للسكة الحديد في عهودها الزاهية «اثنان وعشرون» إدارة مركزها مدينة عطبرة. من أشهر قطارات السكة الحديد (قطار المشترك) وهو القطار الذي يتحرك من محطة الخرطوم حتى مدينة كريمة وبالعكس. (قطار إكسبريس) حلفاالخرطومحلفا، كذلك وجدت قطارات أخرى كقطر (السقاية) الذي يعرف بقطار الموية وهو القطار المخصص لنقل الماء للمحطات الخلوية. كذلك قطار الخضروات والفواكه وهو القطار الذي يصل مدينة بورتسودان أسبوعياً ومسماه (الكسلاوي). ساهمت السكة الحديد بإداراتها المختلفة في كثير من الأعمال ومنها بناء المدارس والمستشفيات وغيرها. في العام «1977م» انتدب عدد من المهندسين والعمال لإنشاء خط سكة حديد بدولة زامبيا فكانت واحدة من ضمن المساعدات التي قدمتها الهيئة للدول الشقيقة.