يعتبر مشروع الجزيرة من القضايا الأساسية لكل القوى السياسية عندما توجه الانتقادات لحكومة المؤتمر الوطني الذي حاول الاستفادة من وعد رئيس الجمهورية بأن لا تنتهي فترته الرئاسية إلا وقد سار المشروع على جادة الطريق، لتجيء ورشة توحيد الرؤى حول مشروع الجزيرة التي نظمها المؤتمر الوطني بولاية الجزيرة، ويعتبر هذا المشروع أكبر مزرعة مروية على مستوى السودان لإنتاج المحاصيل النقدية والغذائية، وأكبر داعم للناتج المحلي في الحقب الماضية وسط ملاحظة أن متوسط إنتاج الفدان من القطن لم يتجاوز 4.5 قنطار ولم يزد عن هذا الرقم إلا خلال فترة الحرب الكورية، كما أن الذرة بأنواعها لم يتجاوز متوسط الفدان 5-7 جوالات والفول متوسط إنتاج الفدان 12 جوالاً، ما أدى إلى عزوف المزارعين عن الزراعة والدخول في مرحلة الشراكات والبيع، ولعل من أهم أسباب ضعف الإنتاجية علاقات الإنتاج والنمط الإداري والتمويل والسياسات ليصبح المشروع هماً عاماً تناولته الوسائل الإعلامية المختلفة والندوات والورش وتكوين اللجان وصولاً إلى برنامج إصلاحي مؤسسي مثل لجنة الكندي ولجنة تاج السر وتقرير البنك الدولي واجتماعات المجالس التشريعية في الولاية التي تبلور عنها قانون2005م والذي جاءت أهم ملامحه في إعطاء المزارع الحرية الكاملة في اختيار محاصيله وإدارة حقله، وأن يتحمل المزارع مسئوليته الإنتاجية كاملة وخروج الدولة من التمويل وإعطاء الفرصة لدخول القطاع الخاص وحل مشكلة الملاك، وأن تتولى روابط مستخدمي المياه صيانة وتشغيل وإدارة قنوات الحقل والصرف الداخلي، فتم تكوين(1567) رابطة لمستخدمي المياه على مستوى الجزيرة في أسبوع واحد، وظلت تمارس عملها طوال الأعوام الثمانية دون لائحة أو تدريب، ولم يتم تسليمها الترع إلا في هذا الموسم، الأمر الذي أفرز سلبيات كثيرة تمثلت في عدم استرداد رسوم الماء واللامبالاة في استخدام المياه، مما جعل المشروع يمر بفترات كثيرة من العطش في العروتين الصيفية والشتوية، وحدث صراع بين إدارة المشروع ووزارة الري في استخدام المياه. كما أن طبيعة إنسان الجزيرة والعلاقات الموروثة لا تسمح بتطبيق اللوائح بينهم ذاتياً، كما أن التجارب المماثلة لروابط مستخدمي المياه في مصر والمغرب لم يتم فيها إلغاء الدورة الزراعية في ظل وجود المهندسين الزراعيين والارشاد، وفي المغرب يتم تطبيقها في مساحات محدودة ومازالت في طور التجربة. هذا الواقع دفع د. إسماعيل المتعافي وزير الزراعة ورئيس مجلس إدارة مشروع الجزيرة لدى اجتماعه الموسع مع حكومة الولاية ومجلسها التشريعي الى أن يعلن أن مشكلة المشروع إدارية في المقام الأول كما أن المشروع لا يمكن أن يدار بإدارة موحدة. وطالب بإعطائه ثلاث سنوات حتى يتمكن من إصلاح هذا الخلل. لذلك جاءت توصيات الورشة بضرورة تحديد دور حقيقي وواضح للولاية في إدارة المشروع بأن يتم اختيار مدير المشروع ولائياً بالتشاور مع مجلس الإدارة ويتم اختيار رئيس مجلس الإدارة بالتنسيق بين السيد/رئيس الجمهورية والوزيرالمختص ووالي ولاية الجزيرة. وتعديل النصوص في قانون 2005 م بأن يكون خيار المحصول جماعياً وليس فردياً بتوحيد المحصول في النمرة الواحدة وتحديد خيارات القطن والقمح قبل وقت كاف يمكن جهات الاختصاص من استيراد المدخلات من مبيدات وأسمدة القطن في شهر ديسمبر ويناير والقمح في أبريل ومايو. كما لا بد من وجود مرشدين زراعيين لمساعدة وتدريب الروابط، وتقسيم المشروع إلى قطاعات يكون لكل مدير قطاع صلاحيته ومدير زراعي لتحقيق التغذية الراجعة وسهولة الحصول على الأرقام الحقيقية. وتقسيم المشروع إلى قطاعات إنتاجية حسب المناخ مثل شمال الجزيرة للقمح، وجنوب الجزيرة لقصب السكر، وغرب الجزيرة للإنتاج الحيواني. وتكوين اتحاد المنتجين وقيام شراكات ذكية لشركات مقتدرة لدخول في العملية الإنتاجية بتمويل كامل من الحرث إلى الحصاد. كما أن من أكبر الأخطاء التي أرتكبت في المشروع خصخصة العاملين قبل إجازة الهيكل الوظيفي أدى إلى إحداث دمار في البنيات الأساسية وسرقة محتويات الورش و المخازن بالغيط والتي كان يمكن الاستفادة منها في تنمية المشروع.
