أكَّدت هيئة علماء السُّودان أن ما نُسب للهيئة من تكفير للموقِّعين على وثيقة كمبالا تم عكسُه بطريقة غير صحيحة، وقال بروفيسور محمد عثمان صالح الأمين العام للهيئة في تصريح ل«سونا» إن الرأي الذي أصدره كان يتعلَّق بقضية عامَّة تتعلق بمن رفض حكم الله عز وجل وادّعى فصل الدين عن الدولة، وأبدى صالح دهشته لما نُسب إليه بتكفير د. يوسف الكودة وأنه خرج عن الملة والدين، وأضاف أنه بعد الرجوع إلى النص الذي وقَّعه د. يوسف الكودة في كمبالا ثبت للهيئة أنه ليس النص الذي يدعو إلى فصل الدين عن الدولة.