شككت هيئة الدفاع في قضية الأقطان في أمانة ونزاهة شعبة الترجمة بجامعة الخرطوم، وطعنت في مستند اتهام رقم «80» عبارة عن خطاب اعتماد، لافتة إلى أن شعبة الترجمة بجامعة الخرطوم قامت بترجمته بطريقة مخالفة لقوانين الترجمة ليتماشى فقط مع تقرير المراجع ووصفت ذلك بالكارثة، مشيرة إلى أن كثيراًَ من المؤسسات لعبت في هذه القضية.واتهمت المراجع وقسم الترجمة بجامعة الخرطوم بالاتفاق الجنائي وقالت إن هذه مخالفة واضحة وصريحة. وفيما استنكرت هيئة الاتهام التشكيك والطعن في نزاهة لجنة الترجمة بجامعة الخرطوم وطالبت المحكمة باتخاذ إجراء قانوني ضد هيئة الدفاع، أشارت إلى أن جامعة الخرطوم هي الجهة المعتمدة لدى كل أجهزة الدولة، ولذلك فإن المستند الصادر عنها رسمي وفق قانون الإثبات. وفي ذات الأثناء أوضحت المحكمة أنها ستخاطب جامعة الخرطوم للإفادة حول صحة الترجمة، وأنها سوف تعلن المترجم. ومن جانبه أكد المراجع طارق عباس خلال الإدلاء بأقوله أمام القاضي أسامة محمد عبد الله أنه قام بإعداد جانب من التقرير بناءً على المستندات التي تم تقديمها من شركة مدكوت وفق قانون المراجعة، وأنه يتم تسجيل معاملة العملة الأجنبية عن طريق تطبيق مبالغ سعر الصرف الفوري بين العملة الوظيفية والعملة الأجنبية بتاريخ المعاملة. وفي ذات السياق طلب المتهم الثاني في قضية الأقطان محيي الدين عثمان من هيئة الدفاع مخاطبة مجلس الصحافة والمطبوعات لمنع الصحافيين من دخول قاعة المحكمة ومنع نشر قضية الأقطان.