برزت خلافات حادة داخل حركة خليل إبراهيم حول تعيين خليفة لرئيس الحركة، وأكدت مصادر مقربة من الحركة ل«إس إم سي» عن وجود مقترحات لعقد مؤتمر عام للحركة خلال الأيام القادمة بمدينة جوبا يتم خلاله اختيار خليفة للرئيس مبينة أن حكومة جنوب السودان وبعض القوى الدولية تدفع باتجاه تعيين جبريل إبراهيم في الموقع الذي كان يشغله شقيقه، مشيرة إلى تحفظ بعض القيادات على المقترح فيما أكدت تأييدها لترشيح نائب خليل أحمد آدم بخيت وذلك التزاماً بالإطار التنظيمي الذي وضعته الحركة. وبحسب المصادر فإن تنصيب بخيت يواجَه باعتراض من أسرة خليل باعتبار أن الحالة الصحية لا تسمح لتوليه أعباء القيادة كما أن أسرة خليل أولى من غيرها بالقيادة لأنها قدمت عددًا كبيرًا من أفرادها مقاتلين في صفوف الحركة. من جانبه توقع الأستاذ عثمان البشرى رئيس حركة تحرير السودان جناح الوحدة في تصريح ل«إس إم سي» المزيد من الانشقاقات والتشرذم لفصيل خليل إبراهيم بعد موته.