كشف تقرير المراجع العام لولاية الخرطوم للعام 2013م-2014م عن تلوث مياه الشرب بمسشتفى أحمد قاسم، حيث ورد بتقرير المراجع أن نتائج المعمل المركزي أثبتت تلوث مياه الشرب، وتخوف من انتشار الأمراض البكتيرية (جرثومة المعدة) للمرضى والمرافقين، وأوصى التقرير باستخدام غاز الكلور للقضاء على البكتيريا ونظافة الصهاريج بمادة صحية. وكشف التقرير الذي تحصلت (الجريدة) على نسخة منه، عن رمي المعدات الصلبة (الحقن والمشارط الصغيرة وعينات فحص الدم)، في المعمل داخل سلة المهملات، بمستشفيات إبراهيم مالك وبحري والولادة، وفي فناء مستشفى الذرة، وتخوف التقرير من انتشار الأمراض المعدية والخطرة مثل الأيدز والتهاب الكبد الوبائي، ولفت الى أنها تسبب الأذى الجسيم لعمال النظافة، ووجه بمحاسبة المتسببين في ذلك. ونوه المراجع إلى عدم توفير مستشفى إبراهيم مالك ثلاجات لحفظ الدم التالف، وأبان أن الثلاجات المستخدمة طاقتها التشغيلية ضعيفة وغير صالحة لحفظ الدم التالف، مما أدى الى وضع كميات كبيرة على الأرض، وأشار التقرير في الوقت ذاته الى ارتفاع تكلفة إبادة الدم التالف حيث بلغت تكلفة حرق الكيس الواحد 10 جنيهات، وكشف عن عطل بالمحرقة الوحيدة بالولاية بمستشفى أمدرمان. وكشف المراجع عن عدم وجود وحدة معالجة أو خط رئيس لتصريف مياه الصرف الصحي داخل مستشفى بحري، وأوضح أن أقرب خط رئيس لتصريف الصرف الصحي بالقرب من موقف الجيلي الذي بلغت تكلفته 2 مليون و600 ألف جنيه. وذكر التقرير أن تكلفة إيجار عربات الشفط بلغت 7 آلاف و650 جنيهاً يومياً، ونبه إلى وجود عربة واحدة بالمستشفى وأخرى لا تصلح للسير لمسافات بعيدة، وأن أقرب مكب لمياه الصرف الصحي يقع بمنطقة مايو. وأشار المراجع الى أن تفريغ الصرف الصحي لمستشفى بحري كان يتم في مكبات مستشفى الصافية وأحمد قاسم، وتم إيقافه بقرار من إدارة المستشفيين، وأوضح أن عدم التوصيل الجيد تسبب في طفح المياه خارج المنهولات بمستشفى بحري، وطالب بإعادة تأهيل توصيلات شبكات الصرف الصحي وأحواض التفتيش. ولفت التقرير الى عدم نظافة الغرفة المعدة لمعالجة الكسور بمستشفى بحري، رغم من وجود (4) شركات نظافة.
