اتفقت دولتا السودان وجنوب السودان على إعادة فتح عدد من المعابر الحدودية بين الدولتين لتسهيل عملية التواصل بين الشعبين، وتنشيط الحركة التجارية بين البلدين. وتنتشر المعابر البرية والنهرية بين السودان وجنوب السودان على طول حدود تمتد على أكثر من 2000 كيلومتر، وتوصف بالحدود الأطول في المنطقة. ومن شأن إعادة فتح هذه المعابر الحدّ من مشاكل تهريب البشر والبضائع ونشاط الجماعات المتمردة، التي تتخذ من حدود البلدين المفتوحة منطلقا لنشاطاتها العسكرية المختلفة. ومن أهم المعابر الحدودية بين البلدين ما يلي: معبر جودة أكبر المعابر الحدودية بين البلدين، يربط بين منطقة جودة في ولاية النيل الأبيض السودانية المتاخمة لجنوب السودان، ومقاطعة الرنك في جنوب السودان. وتقطن حول هذا المعبر قبائل عربية سودانية مختلفة، بينما تقطنها من الجهة المقابلة في جنوب السودان قبيلة الشلك. معبر كوستي الجبلين معبر مائي أو نهري يقع في ولاية النيل الأبيض ومنها يمتد إلى مقاطعة جلهاك فإلى مدينة ملكال في وسط جنوب السودان، تتقاسم الوجود حول هذا المعبر قبائل سودانية عربية متفرقة في مقابل قبائل الشلك والدينكا في الاتجاه الآخر من المعبر (جنوب السودان). معبر الكويك ود دكونة يقع في جنوب كردفان إلى الرنك في جنوب السودان، تتقاسم الوجود حوله قبائل سودانية عربية رعوية من بينها قبائل سليم تقابلها في الناحية الجنوبية قبائل الشلك. معبر كاكا التجارية يقع في جنوب كردفان ويربط بين منطقة أبو جبيهة السودانية ومنطقة كاكا التجارية إلى فشودة في وسط جنوب السودان. معبر تروجي يقع في جنوب كردفان، ويربط الولاية بمنطقة بانتيو في شمال دولة جنوب السودان، وتتقاسم الوجود حوله قبائل سودانية متفرقة مع قبائل الدينكا والنوير الجنوبية. معبر هجليج يقع في جنوب كردفان ويربط الولاية بمنطقة بانتيو ربكونا في وسط جنوب السودان، وتتقاسم الوجود حوله قبائل المسيرية العربية السودانية في مقابل دينكا في جنوب السودان. معبر أبيي يقع في منطقة أبيي ويربط بين منطقة أبيي (السودانية) المتنازع عليها بين الدولتين ومقاطعة أدوك قوقريال، وتتقاسم الوجود حوله قبائل المسيرية العربية ودينكا نوك السودانية في مقابل دينكا في جنوب السودان. معبر السكة الحديد يقع في منطقة الميرم بولاية غرب كردفان، ويربطها بالقرنتي ثم مجوك وأويل وكبري بحر العرب في جنوب السودان، وتوجد حوله قبائل المسيرية العربية السودانية في مقابل دينكا وقبيلة النوير في جنوب السودان. معبر الضعين سماحة (سفاهة) أبو مطارق يقع في شرق دارفور ويمتد إلى راجا في جنوب السودان، وتوجد حواليه قبائل الرزيقات العربية في السودان، تقابلها على الطرف الآخر من الحدود قبائل دينكا ونوير في جنوب السودان. معبر برام الفرقة تمساحة يقع في جنوب دارفور، ويربطها بمنطقة راجا في جنوب السودان. معبر حفرة النحاس يقع في حدود منطق برام بولاية جنوب دارفور، ويربطها بمقاطعة كفي كنجي في جنوب السودان. واتفق الرئيسان السوداني عمر البشير والجنوب سوداني سلفاكير ميارديت مطلع نوفمبر/تشرين الثاني 2017 على فتح أربعة معابر من هذه المعابر بصورة عاجلة دون تحديدها بالاسم.
